菌群多样性组成谱测序以细菌/古菌16S rRNA基因可变区、真菌18S rRNA基因可变区或真菌ITS（Internal transcribed spacer）内转录间隔区等微生物特征序列（Signature sequence）为靶点，通过检测序列的变异和数量，反映菌群中各类微生物物种的身份和丰度，从而快速解码菌群物种分布特征，阐明样本间多样性和组成差异，进而发现差异相关物种。