蛋白质和多肽C-端测序技术是采用质谱法，即在质谱中获得蛋白质肽段的碎片。肽段在质谱中的碎裂有一定规律，通常最容易断裂的是肽键位置，得到分别命名为b离子和y离子，得到这些离子的M/Z的图谱，分析图谱得到蛋白质的C端序列。