iTRAQ/TMT标记定量技术可实现对多个样品中的蛋白相对定量分析。来自不同样品的同一肽段经 iTRAQ 试剂标记后具有相同的质量数，并在一级质谱检测(MS1)中表现为同一个质谱峰。当此质谱峰被选定进行碎裂后，在二级质谱检测(MS2)中，不同的报告基团被释放，它们各自的质谱峰的信号强弱，代表着来源于不同样品的该肽段及其所对应的蛋白的表达量的高低。 该技术对不同样本的蛋白质酶解肽段进行标记，标记后进行混匀，同时进入质谱进行分析，由于多个样本可以同时进入质谱进行检测，因而可以有效排除前处理带来的定量比值偏差