蛋白质质谱鉴定的基本原理是蛋白质经过胰蛋白酶消化后，形成肽段混合物，在质谱仪中肽段电离形成带电离子，质谱分析器的电场、磁场将具有特定质量与电荷比值（M/Z）的肽段离子分离开来，经过检测器收集分离的离子，确定每个离子的M/Z值，因此，经过质量分析器可分析出每个肽段的M/Z，并输出蛋白质的一级质谱峰图。离子选择装置自动选取强度较大肽段离子进行二级质谱分析，输出选取肽段的二级质谱峰图，通过和理论上蛋白质经过胰蛋白酶消化后产生的一级质谱峰图和二级质谱峰图进行比对而鉴定蛋白质。