宏基因组测序 宏基因组测序是对特定环境样品中的微生物群体基因组(尤其是那些种类众多的难于培养的微生物),进行序列测定和功能基因的发掘,来分微生物群体基因组成及功能,解读微生物群体的多样性与丰度,发觉和研究新的、具有特定功能的基因。目前宏基因组学研究在发现新基因 ,开发新的微生物活性物质,研究微生物群落结构及功能方面得到广泛的应用,宏基因组测序技术为微生物的研究和发展提供了很好的策略。一、实验流程1. 样品提取总DNA。2. 基因组片段化、加测序接头。3. 琼脂糖凝胶电泳回收合适大小的片段。4. 完成测序文库的制备,用Illumina Hiseq2500进行测序。 二、数据分析 1、测序质量评估 2、宿主基因组比对与覆盖度read统计 3、De novo基因组组装拼接 4、De novo组装拼接性能评估 5、Unigene预测 6 、Unigene功能注释 7、微生物种群鉴别分析 8、微生物种群进化分析 9、微生物种群差异分析10、 微生物种群结构分析
微生物多样性检测 环境微生物多样性检测,是以样品中的微生物群落作为整体进行研究,通过对核糖体RNA高变区域(比如16S/18S/ITS等序列)或功能基因(如古菌的氨氧化基因等)进行PCR扩增和测序,然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律。 二、生物信息分析1. 原始数据整理、过滤及质量评估 2. OTU生成和注释3. 基于物种丰度分析: ♦稀释曲线 ♦丰度分布曲线 ♦Alpha多样性分析 ♦物种丰度差异分析4. 基于群落结构分析: ♦单样品物种分布饼图 ♦多样品物种分布柱图 ♦含进化关系的物种丰度 ♦Beta多样性分析5. 根据客户需求进行个性化分析 三、结果展示 四、样品要求 1、样品采集:样品采集条件的一致是最为重要的环节,严格按照采样标准采样,采样后立即封存样品冷冻保存。2、样品DNA:环境因素异常复杂,许多物质或抑制因子影响后续PCR、测序文库构建和序列测定,常规提取方法不一定适合,建议采用专用试剂盒提取。提供浓度≥20 ng/μl,总量≥500 ng的基因组DNA,并确保电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整;基因组DNA完全无降解;提供DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随样品一起送样。组织样品>1.5 g。3、样品保存期间切忌反复冻融。4、送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。五、研究案例鸡(宿主)与其肠道微生物共生代谢背景:大量人体肠道微生物宏基因组研究表明,许多慢性疾病都与肠道微生物的组成与功能相关。然而由于宿主遗传背景、生理条件和外界环境等因素的制约,迄今为止,人类对于自身机体与肠道微生物之间的关系并不十分清楚。目的:该研究以鸡的双向选择家系为研究对象,根据样本的56日龄体重进行了54代选择,并选取其中体重差异达到10倍的个体,采用高通量测序技术对双向选择家系个体的肠道微生物组成和分布进行了检测分析。结果:研究结果表明在同一环境条件下肠道微生物的组成会随着宿主基因型的改变而发生相应变化,同一基因型、不同性别的个体之间肠道微生物组成存在显著差异。同时该研究还提出了一个全新的理念:宿主肠道微生物的组成和分布具备数量性状的特点,理应将其视为宿主的一个性状去看待和研究。 原文索引:[ZhaoL,etal.Quantitativegeneticbackgroundofthehostinfluencesgutmicrobiomesinchickens.Sci.Rep,2013,3:1163-1168.]
外泌体microRNA定量PCR 实验 外泌体(Exosome)是由细胞分泌而来的微小囊泡,直径约为30-100 nm,具有杯状形态、双层膜结构,天然存在于血液、尿液、唾液、母乳和细胞培养基等生物体液中。包括肿瘤细胞在内几乎所有类型的细胞(免疫细胞、神经细胞、干细胞),都可以产生并释放exosome。Exosome可通过细胞膜受体直接激活受体细胞,也可运输蛋白质、mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA,甚至细胞器进入受体细胞,参与细胞间通讯。Exosome在免疫应答、炎症反应、血管生成、凋亡、凝血和废物处理等生理过程发挥关键作用,可作为多种疾病的早期诊断标记物,也能作为靶向药物的载体进行疾病治疗。 miRNA是一类22nt左右大小的非编码分子, 它可以通过外泌体从一个地方转运到另外一个地方行使基因沉默功能。通过检测外泌体中miRNA表达变化,可以发现外泌体中miRNA特异性功能。 图1外泌体产生过程的示意图 图2外泌体miRN PCR扩增曲线 图3外泌体miRN PCR溶解曲线 实验流程: 样品要求血清样品:2-4ml外泌体样品:1mlRNA样品:500ng参考文献Tkach M, et al. Communication by Extracellular Vesicles: Where We Are and Where We Need to Go. Cell. 2016 Mar 10;164(6):1226-32Enderle D, Spiel A, Coticchia CM, Berghoff E, Mueller R, Schlumpberger M, et al.Characterization of RNA from Exosomes and Other Extracellular Vesicles Isolated by a Novel Spin Column-Based Method. PLoS ONE(2015)10(8): e0136133. doi:10.1371/journal.pone.0136133Zhou W, Fong M Y, Min Y, et al. Cancer-Secreted miR-105 Destroys Vascular Endothelial Barriers to Promote me tastasis[J]. Cancer cell. 2014, 25(4): 501-515.Takahashi KJ, Yan IK, Wood J, et al. Involvement of Extracellular Vesicle Long Noncoding RNA (linc-VLDLR) in Tumor Cell Responses to Chemotherapy. Mol Cancer Res.2014 ,12(10): 1377–87.Li Y, Zheng QP, Bao CY, et al. Circular RNA is enriched and stable in exosomes: a promising biomarker for cancer diagnosis. Cell Res. 2015, 25(8):981-4.Melo SA, Sugimoto H, O'Connell JT, et al. Cancer Exosomes Perform Cell-Independent MicroRNA Biogenesis and Promote Tumorigenesis. Cancer Cell, 2014.
长链非编码RNA 长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是长度大于200 nt的RNA分子。它们不编码蛋白,但参与细胞内多种过程调控。近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组印记以及染色质修饰,转录激活,转录干扰,核内运输等多种重要的调控过程,lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。lncRNA的种类远远超过编码RNA,哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA(相应的蛋白编码RNA的比例是1%-5%)。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。 本公司完善的实验平台和经验丰富的实验人员,可以为您提供完善lncRNA定量PCR技术服务,并完成数据分析,提供完整的实验报告。接受样品类型a)组织样品(需提供≥100mg组织。必须保存在RNAlater或类似RNA保护溶液中);b)体外培养细胞(需提供≥10^6个细胞。必须保存在RNAlater或类似RNA保护溶液中);c)全血 (需提供≥2ml全血);d)总RNA (需提供≥5ug total RNA)。所有类型样品必须用冰袋寄至公司。冰块应足量,以确保样品寄至公司时,冰块未完全融化。 服务内容与价格样品类型服务内容价格(人民币:元)组织样品,体外培养细胞,全血RNA制备,基因表达定量询价total RNA基因表达定量询价提交数据服务报告提交下列数据:实时荧光PCR扩增曲线;熔解曲线;基因表达定量结果分析。
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