专注生物信息分析16年
全基因组甲基化测序简介 甲基化修饰是基因表达的主要调控方式之一,在生命活动中扮演着重要的角色。基因组序列上甲基化模式的变化能引起染色质结构、DNA构象及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,进而影响相关基因的表达。全基因组甲基化测序技术可以在全基因组范围内对甲基化模式进行研究。全基因组甲基化测序分析可以应用在个体发育水平研究,生命衰老研究,疾病发病机制研究,也可以用于构建物种甲基化图谱。------------------------------------------------实验流程------------------------------------------------样品要求样本要求1. 样品类型: DNA2. 样品需求量:总量>1.5μg;浓度≥100ng/μL 。3. 样品质量:260/280介于1.8-2.0之间4. 样本无明显降解5. 新鲜动物组织干重1g,新鲜植物组织干重2g,培养细胞数9million个,全血样本哺乳动物不少于5ml,非哺乳动物不少于1ml。测序深度 1)一般建议测序基因组大小的30×数据量,Hiseq 2×150 注:可根据老师研究目的进行更高深度测序------------------------------------------------交付结果分析报告
单细胞转录组测序简介 单细胞转录组测序是在单细胞水平对转录组进行扩展与测序的一项新技术,通过分析能够研究单细胞中RNA分子的基因表达定量、功能富集、可变剪切等。它可以解决传统RNA测序技术存在的无法对极低样本量测序或无法获得单个细胞异质性信息的问题。单细胞转录组测序分析适用于研究单个细胞内的基因表达情况、分析存在高度异质性的干细胞、肿瘤细胞及胚胎发育早期的细胞群体。 ------------------------------------------------ 实验流程 ------------------------------------------------ 样品要求 1. 样品类型:活体新鲜完整细胞;不适于经固定、染色等处理的样本; 2. 样品体积:在显微镜或其他设备辅助下分离,得到的单细胞样本体积以不高于0.5μl为宜; 3. 目前可接收哺乳动物的生殖细胞、早期胚胎细胞、体细胞等。 4. 分离单细胞时尽量减少细胞损伤,保证细胞活性。推荐口吸管分离。 5. 确保操作环境无外源污染。设置阴性对照。 6. 避免反复冻融,置入细胞后的裂解液干冰运送,运输时间不要超过72小时,确保样品送达时有足量干冰留存。 7. 直接使用公司提供的0.2mL平盖PCR管作为采集管,管盖标注编号;细胞样本需采用缓冲液洗涤;裂解液避免反复冻融。注意避免起泡; 8. 操作过程中请尽量将采样管置于低温环境下(如冰上)。 样本采集管需要用Parafilm封口膜缠绕封口,装入PCR管盒,橡皮筋固定,再装入自封袋,-80℃暂存,大体积干冰运输;防止液体状态下管身颠倒使细胞附于采样管内壁上部; 9. 送样量:单细胞基因组扩增,建议重复单细胞样本个数不小于5个; 10. 细胞采样后,请置于96孔管盒中,避免采样管倾倒,尽快寄送,若需保存请置于-80℃。 测序深度 1. 150PE,hiseq4000 注:针对大批量细胞的测序,可以进行低深度潜覆盖测序;对于细胞之间亲缘关系较大的,可以适量增加测序深度。针对小规模细胞测序,研究功能性变化的,可参考常规全基因组重测序/外显子组测序/目标区域测序的测序深度。其余个性化研究目的,测序深度视不同的研究目的可适度调整。 ------------------------------------------------ 结果展示: 图1:根据细胞UMI个数和基因数量绘制散点图,对离群细胞进行过滤 图2:t-SNE对细胞分类结果进行可视化 图3:对不同Cluster中的差异表达基因进行结果展示 图4:根据表达量对细胞群体进行聚类分析 图5:样本进化关系展示 图6:对细胞群体进行虚拟时间分析,模拟细胞分化发育过程
small RNA测序简介 small RNA 是一类重要的调节分子,主要包括miRNA。他们的主要功能是诱导基因沉默、参与转录后调控,进而调节细胞的增殖、分化,及个体的发育等重要生物学过程。small RNA在疾病与正常个体中差异显著且参与调控多种基因。通过对small RNA进行测序分析,研究物种在某一状态下small RNA的表达水平的差异并进行靶基因预测分析,发现重要调控的小分子RNA,为解释相关生理、病理调控机制提供依据。实验流程------------------------------------------------样品要求样本要求1、 样品类型:真核生物、原核生物;完整且无污染的总RNA;血清血浆及FFPE样品。2、 样品需求量(单次):≥2 μg;血清血浆:50ng;FFPE:500ng3、 样品浓度:15 ng/μL≤c≤500 ng/μL;样品纯度:OD260/280 =1.8~2.2;OD260/230≥2.0;28S:18S≥1.5;RIN≥8.0;23S:16S≥1.5 (此项要求只针对原核生物)。测序深度一般测序6M、10M、20M clean reads,推荐10-20M clean reads,Illumina HiSeq 平台SE50测序,文库类型:200bp------------------------------------------------交付结果数据分析报告
LncRNA测序简介长链非编码RNA(LncRNA)指长度超过200nt不编码蛋白的一类RNA,其可与DNA、RNA或蛋白质结合,能在表观遗传、转录、转录后调控等方面发挥重要作用。LncRNA与人类的多种疾病密切相关,如神经退行性疾病、先天发育缺陷、癌症等。通过高通量测序技术并依托强大的生物信息分析平台,可对已知、未知LncRNA进行表达分析及功能注释,在此基础上,与特定生物学现象联系起来,可以揭示与之相关的遗传特性或发病机理。实验流程------------------------------------------------样本要求1、 长链非编码RNA:无论动物植物,请一次性提供8μg的高质量总RNA;为保证实验的延续性,一次性提供至少2次样本制备量。2、 样品类型:物种-人;完整且无污染的总RNA; FFPE样品;3、 样品需求量:植物、真菌:≥2 ug;动物及原核生物:≥1 ug;FFPE:200ng;血清血浆:20ng4、 样本浓度:植物、真菌:≥250ng/ul;人、大鼠、小鼠:≥65 ng/ul;其它类型动物:≥150 ng/ul;原核生物:≥65 ng/ul5、 样品纯度:真核:OD260/280=1.8~2.2;OD260/230≥2.0;RIN≥7.0(动物),RIN≥6.5(植物),28S/18S≥1.0;昆虫样本无此指标;原核:OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.8;RIN≥6.0;23S/16S≥1.0;6、 样品保存:请选择乙醇、DEPC水保存样品,并在样品信息单中注明。7、 样品运输:样品请置于1.5ml管中,并使用封口2膜封好后干冰运输。请勿反复冻融。测序深度1. 一般测序8~10Gb,推荐12 Gb clean data ,PE125 / PE150 / PE250------------------------------------------------结果展示图1:信号转导网络通路图图2:不同类型RNA表达水平分布图组图3:组织特异性表达聚类热图图4:不同组织LncRNA个数韦恩图图5:邻近基因密度分布图图6:KEGG pathway 通路富集图图7:皮尔森相关系数分布图图8:变异系数图
实验流程------------------------------------------------样品要求有参转录组测序1. 样品类型:完整且无污染的总RNA;2. 样品需求量(单次):200 ng; 2ug(真菌);3. 样品浓度:≥20ng/μL;≥40ng/μL(真菌);4. 样品纯度:28S:18S≥1.0;RIN≥7.0(动物);RIN≥6.5(植物&真菌);昆虫样品无28S:18S及RIN值要求;5. 样品OD值: 260/280≥1;260/230≥1.8;昆虫和动物样品无OD值要求。测序深度1. 有参真核普通转录组4 Gb数据量;极大基因组,如小麦、玉米等8 Gb数据量;如要做基因融合等信息分析,建议 8Gb 数据量以上,Illumina HiSeq,PE100或PE150,常规转录组文库或链特异性全谱转录组文库2. 有参原核普通转录组1 Gb数据量,Illumina HiSeq,PE100或PE150,常规转录组文库或链特异性全谱转录组文库 注:可根据老师研究目的进行更高深度测序无参转录组测序1. 样品类型:完整且无污染的总RNA;2. 样品浓度:≥20ng/μL;≥40ng/μL;3. 样品纯度:28S:18S≥1.0;RIN≥7.0(动物);RIN≥6.5(植物&真菌);昆虫样品无28S:18S及RIN值要求;样品OD值: 260/280≥1;260/230≥1.8;昆虫和动物样品无OD值要求。测序深度1. 无参真核普通转录组4 Gb数据量;极大基因组,如小麦、玉米等8 Gb数据量;如要做基因融合等信息分析,建议 8Gb 数据量以上,Illumina HiSeq,PE100或PE150,常规转录组文库或链特异性全谱转录组文库2. 无参原核普通转录组1 Gb数据量,Illumina HiSeq,PE100或PE150,常规转录组文库或链特异性全谱转录组文库 注:可根据老师研究目的进行更高深度测序------------------------------------------------交付结果分析报告