一、 全基因组甲基化测序概述DNA甲基化是表观遗传调控的常见机制。启动子区域的高度甲基化可导致基因表达改变。甲基化多发生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在细胞和组织分化、疾病发生以及适应环境等过程中,甲基化状态可发生改变。高精确度全基因组甲基化修饰状态的分析,将为发育、育种、肿瘤标志物鉴定或药物靶标寻找等研究奠定基础。全基因组甲基化测序结合了亚硫酸氢盐转化(bisulfite conversion)方法与新一代高通量测序技术,可在单碱基分辨率水平上高效地检测全基因组DNA甲基化状态。亚硫酸氢盐处理可以使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变,PCR扩增所需片段,则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。对 PCR产物进行高通量测序,与参考序列比对,即可判断CpG/CHG/CHH位点是否发生甲基化。二、 全基因组甲基化测序技术优势高分辨率:单碱基分辨率。精确分析每一个C碱基的甲基化状态,是DNA甲基化检测的金标准; 效率较高:亚硫酸氢盐转化结合新一代高通量测序技术,彻底检测基因组所有C碱基,获取全面信息; 应用范围广:适用于所有具有参考基因组的物种,适于进行开创性工作。三、 全基因组甲基化测序研究内容全基因组甲基化图谱(DNA methylation profiling)及单样品高低甲基化位点在基因组不同区域的分布:全基因组甲基化测序可全面、精确地检测全基因组DNA甲基化状态,为更深入的表观遗传调控分析奠定基础。在全基因组甲基化图谱的基础上,对基因组不同染色体、不同基因区域、不同序列环境、不同基因功能元件如启动子、外显子、内含子、UTR区的胞嘧啶甲基化状态进行分析,有助于从多个角度研究基因的功能及调控。
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是长度在200-100000 nt之间的RNA分子。它们不编码蛋白,但参与细胞内多种过程调控。近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组印记,染色质修饰,转录激活等多种重要的调控过程,lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。lncRNA的高通量研究方法,主要是微阵列和新一代高通量测序。它们在大规模发现lncRNA和探索lncRNA的功能中得到了广泛的应用。南方基因向广大用户提供lncRNA测序服务,使用高通量测序技术结合生物信息学分析,一次性获得样本中lncRNAs信息,为您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具。技术路线:
本公司可提供 Affymetrix和Agilent两大表达谱芯片平台的检测服务样品要求1. 样品纯度:OD 260/280值应在1.9~2.2 之间;DNA 应该去除干净;2. 样本完整性:Agilent 2100 score ≥ 7; 3. 样品浓度:最低浓度不低于100ng/µl; 4. 样品总量:每个样品总量不少于5µg; 5. 样品溶剂:要溶解在H20或TE (pH 8.0)中; 6. 样品运输:RNA用冻存管保存,并用干冰或液氮运输。 实验流程生物信息学分析流程
一、 转录组测序概述转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有RNA(转录本)的集合,包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA, 非编码RNA又包括:tRNA,rRNA,snoRNA,microRNA,piRNA,lncRNA等。通过比较转录组或基因表达谱的研究以揭示生物学现象或疾病发生的分子机制是高通量组学研究的一个常用策略。利用高通量测序技术研究转录组在全面快速得到基因表达谱变化的同时,还可以通过测定的序列信息精确地分析转录本的cSNP(编码序列单核苷酸多态性)、可变剪接等序列及结构变异,另外对于检测低丰度转录本和发现新转录本具有其独特的优势。 二、 转录组测序技术优势1. 直接得到核酸序列信息,除了得到基因表达量的差异,更可以检测RNA的结构和结构变异。 2. 开放性的转录组分析:无需参考基因组信息,无需设计探针,不但能检测已知基因还能够发现新的转录本。 3. 在测序覆盖率足够大时能够检测到细胞中的低丰度转录本。 4. 随着测序深度的增加可以获得更广的动态检测范围,能够同时鉴定和定量高丰度转录本和低丰度转录本。
全外显子组测序是利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。由于它具有对常见和罕见变异高灵敏度,因此仅需对1%的基因组进行测序就能发现外显子区域的大部分疾病相关变异。全外显子组测序技术具有针对性强,覆盖度深,数据准确性高,简便、经济、高效等特点。目前,已经广泛应用于寻找复杂疾病(如:癌症、糖尿病、肥胖症等)的致病基因和易感基因等的研究。