全基因组重测序是对已有参考序列(Reference Sequence)的物种的不同个体进行基因组测序,并以此为基础进行个体或群体水平的差异性分析。通过全基因组重测序,研究者可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)、插入缺失(InDel,Insertion/Deletion)、结构变异(Structure Variation,SV)等变异位点。这在人类疾病及动植物育种研究等方面具有重大的指导意义。
microRNA(miRNA)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70—90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(双链)但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或抑制mRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(最新发现microRNA也能在转录水平调控基因表达)。microRNA在物种进化中相当保守,在动物、植物和真菌等中发现的microRNA表达均有严格的组织特异性和时序性。microRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。目前研究microRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技术以及第二代测序技术。基于第二代测序技术的microRNA测序,可以一次获得数百万条microRNA序列,能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的micoRNA及其表达差异,为研究microRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。二、 miRNA测序技术特点1. 高灵敏度:理论上可以检测单个细胞中一个拷贝的microRNA; 2. 高精度:可以检测microRNA单个碱基的差异; 3. 不受先验信息的干扰,既能鉴定已知microRNA,又有能力发现新的microRNA; 4. 保留定向信息,用于链特异的表达分析; 5. 利用Barcode在单次运行中经济地分析多个样品。