2000元起
真核有参转录组测序分析(活动价:1500元)
转录组测序技术优势
1. 直接得到核酸序列信息,除了得到基因表达量的差异,更可以检测RNA的结构和结构变异。 2. 开放性高,可以检测多种转录本,在测序覆盖率足够大时能够检测到细胞中的低丰度转录本。 3. 随着测序深度的增加可以获得更广的动态检测范围,能够同时鉴定和定量高丰度转录本和低丰度转录本。
转录组测序实验技术路线
RNA送样要求
总量需求
文库类型
测序平台
测序数据量
浓度≥100 ng/μL
总量≥2 μg
Oligo(dT)富集mRNA建库
Illumina PE150
6G raw data
组织样品送样要求
总量需求
文库类型
测序平台
测序数据量
总量≥200 mg
Oligo(dT)富集mRNA建库
Illumina PE150
6G raw data
转录组生物信息分析技术路线
分析内容:
表1 有参转录组的生物信息分析列表
产品分类
标准分析内容
常规转录组产品(mRNA)
数据产出统计及质量控制
与基因组比对和统计
表达量计算和差异分析
差异基因聚类分析
GO分布统计和富集分析
KEGG注释和富集分析
新转录本分析
IPA网络分析
cSNPs分析
蛋白互作分析
分析结果展示:
1.基因组比对情况统计:
sample
gp1.1
gp1.2
gp2.1
gp2.2
mapped reads
63282267
74502312
66226568
69423175
read 1
31638078 (0.5)
37256722 (0.5001)
33106246 (0.4999)
34724085 (0.5002)
read 2
31644189 (0.5)
37245590 (0.4999)
33120322 (0.5001)
34699090 (0.4998)
paired reads
59275142 (0.9367)
69531652 (0.9333)
62156714 (0.9385)
65541378 (0.9441)
single mapped reads
4007125 (0.0633)
4970660 (0.0667)
4069854 (0.0615)
3881797 (0.0559)
properly mapped reads
45102278 (0.7127)
52023648 (0.6983)
45556729 (0.6879)
44982659 (0.6479)
图1 reads比对到参考基因组的比率统计
2. 样品间聚类情况分析:
3.差异基因分析:
差异功能及通路分析: