专注生物信息分析16年
实验流程------------------------------------------------样品要求1. 样本类型:简单 Meta Total RNA(土壤菌群、海洋微生物菌群等复杂Meta 样品除外)2. 样本要求:RNA总量≥10 μg;RNA浓度≥150ng/ul;RNA纯度OD260/280=1.8~2.2,OD260/230=1.8~2.2,RIN≥6.0,16S≥10,23 S/16 S≥1.03. 样本保存及运输:在-80℃或者液氮保存,送样时请使用干冰运输(样本保存期间切忌反复冻融)。4. 测序策略:(非)链特异性转录组文库,300-500bp小片段文库,HiSeq4000,PE150测序5. 指标:大于2G clean Data6. 项目周期:70工作日------------------------------------------------交付结果 分析报告
实验流程------------------------------------------------样品要求1. DNA样本:1) 样本要求:DNA总量≥150ng;DNA浓度≥5 ng/μl; OD260/280=1.8~2.0;无蛋白质、RNA或肉眼可见杂质污染2) 样本保存及运输:请选择干粉、酒精、TE buffer或超纯水一种保存,并在样品信息单中注明,送样时请使用冰袋或干冰运输(样本保存期间切忌反复冻融)。2. PCR产物:1) 样本要求:DNA总量≥1ug;DNA浓度≥10 ng/μl;OD260/280=1.8~2.0;确保PCR产物无降解2) 样本保存及运输:送样时请使用冰袋或干冰运输(样本保存期间切忌反复冻融)。3. 菌体样本: 类型小片段2-5k大片段5-10k大片段菌体(干重)≥0.8g≥2g≥3g菌体(对数生长期)≥3ml≥25ml≥50ml4. 测序策略:Miseq 2×150或Hiseq 4000×1505. 指标:单个样品至少100Mb6. 项目周期:30-55个工作日------------------------------------------------结果展示图1:进化分支图注:在进化分支图中,由内至外辐射的圆圈代表了由门至属(或种)的分类级别。在不同分类级别上的每一个小圆圈代表该水平下的一个分类,小圆圈直径大小与相对丰度大小呈正比。着色原则:无显著差异的物种统一着色为黄色,差异物种Biomarker跟随组进行着色,红色节点表示在红色组别中起到重要作用的微生物类群,绿色节点表示在绿色组别中起到重要作用的微生物类群。图中英文字母表示的物种名称在右侧图例中进行展示。图2:PCA分析图注:横坐标表示第一主成分,百分比则表示第一主成分对样品差异的贡献值;纵坐标表示第二主成分,百分比表示第二主成分对样品差异的贡献值;图中的每个点表示一个样品,同一个组的样品使用同一种颜色表示;在有聚类圈的PCA图中,以分组信息添加聚类圈。图3:RDA排序图注:在RDA排序图内,环境因子一般用箭头表示,箭头连线的长度代表某个环境因子与群落分布和种类分布间相关程度的大小,箭头越长,说明相关性越大,反之越小。箭头连线和排序轴的夹角代表某个环境因子与排序轴的相关性大小,夹角越小,相关性越高;反之越低。环境因子之间的夹角为锐角时表示两个环境因子之间呈正相关关系,钝角时呈负相关关系。图4:各样品的相对丰度统计结果注:横坐标(Sample Name)是样品名;纵坐标(Relative Abundance)表示相对丰度图5:基于Unweighted Unifrac距离的UPGMA聚类树注:左侧是UPGMA聚类树结构,右侧的是各样品在物种相对丰度分布图。图6:PcoA分析结果图7:OUT分析花瓣图结果
实验流程------------------------------------------------样品要求1. DNA样本:1) 样本要求:DNA总量≥5μg(或50ng cDNA片段,片段长度200-500bp),建议一次性提供至少两次的制备量;DNA浓度≥50ng/μl;OD260/280=1.8~2.0;无蛋白质、RNA或肉眼可见杂质污染2) 样本保存及运输:请选择干粉、酒精、TE buffer或超纯水一种保存,并在样品信息单中注明(样本保存期间切忌反复冻融)。2. 环境样本:1) 采样后务必立即封存样品(冷冻保存,推荐液氮处理),土壤、粪便、污泥、海水沉积物等样品>3g,植物树枝叶片、堆肥等>100g;3. 测序策略:小于800bp小片段文库,HiSeq4000,PE150测序4. 指标:每个样品,至少完成 1Gb Clean data;哺乳动物肠道样本建议 4-5Gb/样;复杂环境(如海洋、土壤等)数据量建议增加到 8-10G/样本;HiSeq4000,PE150测序5. 项目周期:40-70个工作日------------------------------------------------交付结果分析报告
RIP-seq产品介绍 RIP-seq以RNA免疫共沉淀为基础,运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,经过分离纯化后对结合在复合物上的RNA进行测序分析。生物信息分析可以鉴定出在全转录组范围内被特定蛋白特异结合的RNA区域及类别。RIP-seq技术是了解转录后动态调控有力的研究工具之一,能帮助我们发现诸多miRNA的调节靶点。这种技术也可应用于检测癌症及其它疾病中整体水平的RNA变化。------------------------------------------------实验流程------------------------------------------------样品要求样本要求 RNA样本,大于50ng 测序深度1)HiSeq 2500单端1X50bp测序模式,推荐20M clean reads注:可根据老师研究目的进行更高深度测序------------------------------------------------交付结果分析报告
ChIP-seq 产品介绍 ChIP-seq技术(染色质免疫共沉淀技术)能特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行高通量测序分析。ChIP-seq技术是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,能够高效地在全基因组范围内在单碱基水平上检测出与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段,是研究基因表达调控的有力工具之一。------------------------------------------------实验流程------------------------------------------------样品要求样本要求1. 样品类型:ChIP富集好的DNA样品;2. 组织类型:不限 ;3. 物种信息:不限 (有基因组参考序列) ;4. 抗体类型:不限(需提供ChIP阳性位点或所用抗体的信息,用于样品质检和测序数据分析。)5. 样本保存和运输要求:-20°C保存,冰袋运输;6. 样品总量:单次实验≥200 ng,请尽可能提供两次以上的用量;7. 样品浓度:≥10 ng/µL;8. 样品纯度:OD260/OD280 = 1.8-2.2;9. DNA片段大小:分布在100-500 bp,主峰分布在200-300 bp;10. 建议提供ChIP获得DNA设计引物进行qPCR定量的检测报告,附阳性和阴性对照的结果。测序深度1)常规深度:6G clean data;高深度:10G clean data,Hiseq 2×150注:可根据老师研究目的进行更高深度测序------------------------------------------------交付结果分析报告