实验服务
在酸性条件下（pH约为2），TiO2带正电荷，可与肽样品中具有磷酸化修饰的肽片段上的带负电荷的磷酸基团特异性结合，经清洗缓冲液清洗去除非磷酸化肽片段后，用碱性洗脱液（pH约为11），将结合于TiO2上的磷酸化肽洗脱下来，从而达到特异性富集磷酸化肽的目的。为最大限度排除肽混合物中带负电荷的酸性非磷酸化肽与TiO2非特异结合带来的干扰，会在酸性的TiO2富集结合缓冲液中加入2,5-二羟基苯甲酸或乳酸。磷酸化肽富集完成后，利用液相色谱-串联质谱对其进行检测。 应用领域：1.不同实验条件下磷酸化蛋白质组变化及信号通路分析；2.筛选特定蛋白激酶的磷酸化蛋白底物。技术优点：1.独特的TiO2富集结合缓冲液配方，可特异性富集细胞和组织中95%磷酸化蛋白；2.可在5小时完成1个样品的检测，覆盖8000-10000磷酸化肽（约3000-4000蛋白），适合对多样品进行高通量分析；3.可进行定量比较分析。 可选仪器：QExactive HF、Orbitrap Fusion 分析流程样品经Trypsin 酶切后脱盐，用TiO2富集磷酸肽，将TiO2富集的磷酸肽洗脱并分成3个组分，分别经液相色谱-串联质谱分析，采用Mascot等软件对质谱数据进行分析，确定磷酸化位点和定量分析。 可选数据分析1.磷酸化肽的鉴定及定量；2.磷酸化肽及蛋白的GO分析及差异蛋白GO分析；3.磷酸化肽及蛋白的Pathway通路分析及差异蛋白的Pathway通路分析；4.重复性分析（仅针对有重复设计的项目）；5.多样品间表达模式聚类分析（适用于样本数≥3的项目）。 样品要求蛋白提取物：≥2mg细胞：≥107组织：动物组织≥100mg,植物组织≥100 mg体液：血清≥20μL，脑脊液≥30μL 参考文献1. Thingholm TE, Jørgensen TJ, Jensen ON, Larsen MR. Highly selective enrichment of phosphorylated peptides using titanium dioxide. Nat Protoc. 2006;1(4):1929-35.2. Jensen SS, Larsen MR. Evaluation of the impact of some experimental procedures on different phosphopeptide enrichment techniques. Rapid Commun Mass Spectrom. 2007;21(22):3635-45.
Label-free样本无需标记，直接采用液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，通过比较质谱信号强度和谱图计数，来分析不同来源样本蛋白量的变化。应用领域：1.动植物组织或细胞、微生物、体液的蛋白组鉴定和相对定量；2.Pull-down方法或免疫沉淀方法富集的蛋白鉴定和相对定量。技术优点：1.所需样本量少，可对微量样本进行分析，不受样本数量限制；2.检测动态范围可以达到4个数量级以上，提高了低丰度蛋白质的检测效率；可选仪器：QExactive、QExactive Plus、QExactive HF、Orbitrap Fusion分析流程样品经Trypsin 酶切，酶切产物由高精度质谱分析，数据由Mascot等软件进行分析。可选数据分析1.数据产出统计；2.蛋白质鉴定及定量结果；3.蛋白质GO分析及差异蛋白GO分析；4.蛋白质Pathway通路分析及差异蛋白的Pathway通路分析；5.重复性分析（仅针对有重复设计的项目）；6.多样品间表达模式聚类分析（适用于样本数≥3的项目）。 样品要求蛋白提取物：≥50μg细胞：≥106组织：动物组织≥1mg,植物组织≥10mg体液：血清≥5μL，脑脊液≥10μL参考文献1、Zhu W, J.W. Smith, and C.M. Huang. Mass spectrometry-based label-free quantitative proteomics.J BIOMED BIOTECHNOL. 2010; 2010: p. 840518.2、Ding C, Jiang J, Wei J, et al. A fast workflow for identification and quantification of proteomes,Mol Cell Proteomics. 2013 Aug;12(8):2370-80.3、Niemann M, Wiese S, et al. Mitochondrial outer membrane proteome of Trypanosomabrucei reveals novel factors required to maintain mitochondrial morphology. Mol Cell Proteomics. 2013; 12(2): 515-28.4、Vanderschuren H, Nyaboga E, et al. Large-Scale 2、Cholewa BD, Pellitteri-Hahn MC, et al. Large-Scale Label-Free Comparative Proteomics Analysis of Polo-Like Kinase 1 Inhibition via the Small-Molecule Inhibitor BI 6727 (Volasertib) in BRAFV600E Mutant Melanoma Cells. J Proteome Res. 2014 Jun 9.5、Proteomics of the Cassava Storage Root and Identification of a Target Gene to Reduce Postharvest Deterioration. Plant Cell. 2014.
泛素化蛋白经胰酶消化后，在包含泛素化的赖氨酸会保留有二甘氨酸标签，利用二甘氨酸（diGG）抗体可特异性地富集肽样品中泛素化修饰肽片段，并对富集后的泛素化肽进行液相色谱-串联质谱检测。 应用领域：1.不同实验条件下泛素化蛋白质组的定量比较2.筛选特定E3泛素连接酶的底物 技术优点：1.样品经胰酶消化、diGG抗体富集后，可鉴定特异性达90%的泛素化肽；2.90分钟的液相色谱-质谱分析可鉴定2000泛素化肽。 可选仪器：QExactive HF、Orbitrap Fusion 分析流程样品经Trypsin 酶切，酶切产物脱盐后与diGG抗体孵育，经diGG抗体富集洗脱并脱盐后进行液相色谱-串联质谱分析，并采用由Mascot等软件对质谱数据检索。 可选数据分析1.泛素化肽的鉴定及定量；2.泛素化肽及蛋白的GO分析及差异蛋白GO分析；3.泛素化肽及蛋白的Pathway通路分析及差异蛋 白的Pathway通路分析；4.重复性分析（仅针对有重复设计的项目）；5.多样品间表达模式聚类分析（适用于样本 数≥3的项目）。 样品要求蛋白提取物：≥5mg细胞：≥108组织：动物组织≥100mg,植物组织≥100 mg体液：血清≥20μL，脑脊液≥30μL 参考文献1. GuoqiangXu, Jeremy S Paige, and Samie R Jaffrey.Global analysis of lysine ubiquitination by ubiquitin remnant immunoaffinity profiling. Nat Biotechnol. 2010 Aug; 28(8): 868–873.
服务项目：样本制备（组织、血清、尿液、脑脊液，微生物、植物、动物等）与蛋白质提取酶切（胶内、膜上）考染胶条鉴定2D胶粒鉴定基于IP、IP-MS的蛋白质相互作用分析及蛋白质复合体鉴定多肽和蛋白质分子量测定分子量分布测定多肽和蛋白质的纯度测定肽质量指纹图分析N—端、C—端序列分析新蛋白质序列分析肽图分析精确质量测定鸟枪法蛋白质鉴定高富集蛋白质鉴定蛋白质突变鉴定与验证蛋白质组覆盖分析多肽组学数据库检索（MASCOT）
BPRC拥有AB SCIEX TripleTOF™ 5600、Q Exactive plus质谱仪、Thermo Scientific LTQ Orbitrap Velos、TSQ Quantum XLS和QTRAP 5500 LC/MS/MS等质谱仪，具备蛋白质制备、分离、纯化及质谱鉴定和定量等实验条件。整合了生物化学、细胞生物学、分子生物学与质谱等多项技术，能够实现蛋白鉴定、差异蛋白定量分析、复合物分离、蛋白翻译后修饰（如：磷酸化、糖基化、泛素化等）的解析及蛋白质组信息学分析。在这里，可以一次找到解决方案。BPRC为缺少设备、技术、精力开展蛋白质组学研究的人员提供周到、高水平的一站式服务。蛋白质鉴定蛋白质定量翻译后修饰分析生物信息学蛋白质样品制备（组织、细胞、体液）酶切（胶内、膜上）考染胶条鉴定基于IP、IP-MS的蛋白质相互作用及蛋白质复合体鉴定分子量测定分子量分布测定多肽和蛋白质的纯度测定肽质量指纹图分析N—端、C—端序列分析新蛋白质序列分析肽图分析精确质量测定鸟枪法蛋白质鉴定高富集蛋白质鉴定蛋白质突变鉴定与验证蛋白质组覆盖分析多肽组学分析iTRAQ蛋白质定量SILAC蛋白质定量无标记蛋白质定量(Label-free)SRM/MRM蛋白质定量绝对定量（AQUA）蛋白质组学半定量SILAC-AQUA蛋白质组学定量及目标验证差异荧光凝胶电泳分析(DIGE) 二硫键定位蛋白质突变点分析蛋白质磷酸化位点分析糖蛋白分子量分析糖蛋白中唾液酸含量分析糖蛋白中N-糖含量分析泛素化蛋白质鉴定蛋白质泛素化位点分析泛素链分析乙酰化分析 质谱数据深度分析蛋白质注释及功能分析蛋白质组研究主题信息服务生物标志物发现 (蛋白质表达模式建模)数据库研发蛋白质相互作用位点的预测蛋白质功能的分析与预测预测、寻找基因或蛋白质的已知相互作用针对特定蛋白质集合或生理/病理进程蛋白质网络的构建蛋白质相互作用数据的可靠性分析蛋白质相互作用网络的拓扑结构分析蛋白质相互作用网络和生物学通路比较基因功能预测构建特定基因的通路图服务流程