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服务简介
一、 全基因组甲基化测序概述
DNA甲基化是表观遗传调控的常见机制。启动子区域的高度甲基化可导致基因表达改变。甲基化多发生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在细胞和组织分化、疾病发生以及适应环境等过程中,甲基化状态可发生改变。高精确度全基因组甲基化修饰状态的分析,将为发育、育种、肿瘤标志物鉴定或药物靶标寻找等研究奠定基础。
全基因组甲基化测序结合了亚硫酸氢盐转化(bisulfite conversion)方法与新一代高通量测序技术,可在单碱基分辨率水平上高效地检测全基因组DNA甲基化状态。亚硫酸氢盐处理可以使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变,PCR扩增所需片段,则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。对 PCR产物进行高通量测序,与参考序列比对,即可判断CpG/CHG/CHH位点是否发生甲基化。
二、 全基因组甲基化测序技术优势
高分辨率:单碱基分辨率。精确分析每一个C碱基的甲基化状态,是DNA甲基化检测的金标准;
效率较高:亚硫酸氢盐转化结合新一代高通量测序技术,彻底检测基因组所有C碱基,获取全面信息;
应用范围广:适用于所有具有参考基因组的物种,适于进行开创性工作。
三、 全基因组甲基化测序研究内容
全基因组甲基化图谱(DNA methylation profiling)及单样品高低甲基化位点在基因组不同区域的分布:全基因组甲基化测序可全面、精确地检测全基因组DNA甲基化状态,为更深入的表观遗传调控分析奠定基础。在全基因组甲基化图谱的基础上,对基因组不同染色体、不同基因区域、不同序列环境、不同基因功能元件如启动子、外显子、内含子、UTR区的胞嘧啶甲基化状态进行分析,有助于从多个角度研究基因的功能及调控。
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