服务简介

1. 归一化 

 lncRNA芯片采用的归一化的方法为quantile normalization。 

2. 差异LncRNA的筛选 

lncRNA芯片中既有lncRNA的探针又有mRNA的探针，分别做差异基因的筛选，筛选方法同表达谱的筛选方法是一致的，参见表达谱的差异基因筛选。 

3. 差异lncRNA的重注释 

lncRNA芯片注释不完善，因此需要将筛选出来的lncRNA进行重注释。将差异lncRNA在基因组上位置上下游延伸，以寻找lncRNA附近的有功能的基因。

差异lncRNA重注释示例 

4. 差异lncRNA靶基因的预测 

lncRNA可能通过调控相应的mRNA发挥功能，因此有必要预测lncRNA的靶基因。我们提取差异lncRNA和mRNA的序列，首先用blast进行初筛，之后用RNAplex进行进一步筛选，以预测lncRNA可能调控的mRNA。

差异lncRNA靶基因预测结果示例 

5. 差异lncRNA与靶基因共表达网络 

预测出lncRNA的靶基因后，并可进一步在mRNA的数据中探寻该mRNA是否发生表达量的变化。由此构建差异lncRNA与靶基因相互作用网络图。

差异lncRNA与靶基因相互作用网络图。方框代表lncRNA，圆形代表mRNA。连线表示可能的调控关系。节点面积越大，表示调控的mRNA越多，预示该lncRNA在调控网络中所起的作用可能越大。 

6. 差异lncRNA与差异mRNA的共表达分析 

SBC Human lncRNA芯片能同时检测出差异表达的lncRNA和mRNA。我们将差异lncRNA和差异mRNA在一组样品中进行共表达分析，可以发现与某个lncRNA具有相同表达模式的mRNA。 

要求：每组数据3个或3个以上生物学重复