服务简介

1.实验部分： 

通过杂交富集外显子区域序列，建库，测序。

2.序列QC： 

去除低质量reads，和连续的低质量片段，去掉接头序列。QC统计reads数量及测序质量。 

3.Mapping：

由于bwa能准确，快速的将短序列比对到基因组上，而且软件持续更新和说明文档完备，是外显子捕获测序的首选。 

4.Sam到bam转换： 

Samtools的多种工具可以将sam文件转换为bam文件，rmdup工具能去除PCR扩增产生的冗余reads，消除由于文库扩增而导入的突变，降低假阳性。Flagstat统计reads的mapping情况以及比较去除duplicate前后reads数目的反映样品建库的冗余情况。 Picard提供的多个工具，修改bam文件，是之适合于后续的GATK软件包中的工具的处理。 

5.Indel区域的reads重新做局部多序列比对： 

在indel的边缘，一些错配看起来很像是SNP，通过对dbSNP库及bam文件检测到的indel附近的reads进行局部的重新比对，可以消除indel周边的假阳性SNP。 

6.碱基质量重新打分： 

测序仪给reads中的碱基的qual值存在一定的偏差，通过经验的错误模型来重新计算的碱基的qual值，重新给reads的各个碱基的qual打分。 

7.Call snv和indel： 

对处理好的多样品bam文件同时运行UnifiedGenotyper，大大提高call SNP的灵敏度和准确性，多样品同时比较的结果，方便了后续的样品间差异的筛选。 

8.突变位点的重新打分： 

通过hapmap，omni，dbsnp数据库中已知的突变位点建模优化，对各个突变位点重新打分，筛选。大大降低了假阳性率。 

9.注释： 

通过ANNOVAR软件对vcf结果注释，关联到多个数据库。