服务简介

高通量测序服务

产品描述

上海吉玛制药技术有限公司为您提供以下技术服务：

1 基因组学

基因组重测序

细菌基因组测序

真菌基因组测序

目标区域深度测序

2 转录组学

Small RNA 深度测序

转录组学测序

数字基因表达谱测序

3 表观遗传学

全基因组重亚硫酸盐修饰甲基化测序

甲基化DNA免疫共沉淀测序

染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）


高通量测序服务流程

smallRNA高通量测序服务

Small RNA测序用于新的Small RNA 的发现和验证，Small RNA表达谱分析等。Small RNA 深度测序

       small RNA 包括micro RNAs 和小干扰RNA。miRNA长19-25个核苷酸左右,由动物和植物的基因组编码产生的部分互补的双链前体切割产生。miRNA 与小干扰RNA (small intering RNA,siRNA)有相似之处，后者是在RNA诱导的基间沉默或RNA 干扰（RNAi)中产生。动物中si RNA 约有21-25nt,由多功能域核酸酶Dicer切割双链RNA (ds RNA）产生。双链的si RNA 进入RNA 诱导复合物（RNA- induced silencing complex,RISC)中,找到与si RNA 双链中的一条链完互补的的mRNA 并将其切割。这种基因沉默过程发生于动物、植物以及某些酵母中。应用新一代低成本快速测序技术，提供解密小RNA 图谱的方法，主要应用于：新的Small RNA 的发现和验证，Small RNA表达谱分析等。吉玛依据Ion Torrent^TM个体化基因组测序仪（PGM）测序平台，开展了small RNA高通量测序服务，可以根据客户要求对测序数据进一步分析：不同样本间small RNA表达水平差异，鉴别rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA并预测新的microRNA，预测microRNA的靶点基因。

RNA转录组高通量测序服务

全基因组水平RNA转录谱是基因组研究发展迅速的工具。转录组分析可以用来推测基因的功能。细胞在一定条件下的转录状态具有一定的特征，可以与处于其它生长条件下的细胞进行比较。根据表达模式的相似性可以推断一些未知基因的功能。

转录组高通量测序（RNA-Seq）

      转录水平的调控是基因表达调控最主要的一个,蛋白质合成的速率通常与转录的速率有关，只有少数基因在转录后的翻译水平上进行调控的。转录组是指细胞中全体mRNA分子的多样性，在很大程度上可以通过细胞中相应蛋白质的多样性来反应。高通量测序平台的出现，为实现全基因组水平RNA转录谱分析提供了条件。通过计算从基因转录来的mRNA的数目来分析一个样本内几乎所有基因表达水平，高通量测序分析不需要对被研究的基因进行预先鉴定，而且具有很高的灵敏度，可以检测到每个细胞中只有数个拷贝的mRNA分子。高通量测序技术的出现将会有力推进系统生物学研究相关数据库发展。

                        图1 m RNA测序文库构建

RNA数字表达谱高通量测序

利用高通量测序技术测定样本中每个转录本3’端一段特定的标签序列来定量相应转录本的表达水平以及比较样本之间基因表达差异。因采用通用接头，可以样本快速进行测序，利用高通量测序技术测定样本中每个转录本3’端一段特定的标签序列来定量相应转录本的表达水平以及比较样本之间基因表达差异。因采用通用接头，可以样本快速进行测序，检测某一物种特定状态下的基因表达情况。构建数字基因表达谱（Digital Gene ex pression Profile)。利用新一代高通量测序技术和高性能的计算分析技术，能够全面地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况，可以应用于肿瘤基因药物筛选，分子育种、药物研发及基础研究等领域。

数字基因表达谱测序服务流程：
1.样品RNA准备
2.测序文库构建
(1)使用oligo dT微珠纯化mRNA
(2)cDNA反转录反应合成合成第一链链cDNA
(3)合成第二链DNA
(4)用限制性内切酶DpnII或NlaII消化cDNAI.
(5)连接特定接头至5’端
(4)使用标签酶MmeI消化获得21bp标签序列
(5)连接特定接头至3’端
(6)高保真聚合酶富集构建成功的测序文库
(7)高通量测序
(8) 数据分析


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甲基化DNA免疫共沉淀测序

甲基化DNA免疫共沉淀测序技术可以较低的成本进行多样品间的全基因组DNA的甲基化差异分析，特别适用于大样本量的疾病表观研究。

甲基化DNA免疫共沉淀测序（MeDIP-Seq）

重亚硫酸盐修饰测序

全基因组甲基化重亚硫酸盐测序用于研究全基因组中高精确度甲基化修饰模式的分析，能够绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱。

全基因组重亚硫酸盐修饰甲基化测序

     在表观遗传学的研究中，DNA的甲基化直接制约基因的活化状态。最近二十年的研究发现CpG双核苷酸位点的5甲基胞嘧啶,在许多与正常发育相关的基本细胞过程中起到极其重要的作用，包括分化、基因组印记和X染色体失活。此外DNA甲基化和其他生命过程也有重要的联系。
     Bisulfite处理能够将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，进行PCR扩增后变成T，与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来，再结合高通量测序技术，可绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。

技术路线及测序流程

ChIP-Seq 高通量测序服务

Chip分析是一种鉴别蛋白结合已知启动子上DNA结合位点的有效方法，但若与高通量测序结全进而在全基因组水平上鉴别白质结合位点，会更显示威力。Chip分析是一种鉴别蛋白结合已知启动子上DNA结合位点的有效方法，但若与高通量测序结全进而在全基因组水平上鉴别白质结合位点，会更显示威力

染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）

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•    观察了特定条件下有哪些基因表达，自然想进一步了解是哪些转录因子参与这些被调节基因表达的调控。因此，我们需要一种方法，能够鉴定胞内特定转录因子真正结合的DNA序列。染色质免疫沉淀技术(Chromatin immunoprecipitian，Chip)正好能满足这一需求。

•    利用甲醛处理生长细胞、甲醛作为一种交联剂可以使紧密接近的蛋白质和DNA共价结合，再裂解细胞，利用超声将DNA切成500bp左右长度的片段，此过程中甲醛交联作用不会破坏，这样蛋白仍会结合其识别的DNA结合位点。利用抗此蛋白的特异抗体与蛋白相互作用，进而可以将与将蛋白交联的DNA片段与其他组分分离。抗原抗体复合物可以通过与抗体特异结合的磁珠(beads沉淀。将免疫沉淀物加热至65℃维持12~18h，破坏交联作用，进而DNA从复合物中释放。

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  技术路线及测序流程：

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样品要求&l