小RNA测序

价格: 面议

地 址:北京

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技术简介:

小RNA是一类重要的体内调节分子,主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是诱导基因沉默,参与基因转录后调控,从而调节细胞生长、分化,以及个体发育、生殖等重要生物学过程。采用高通量测序技术,一次性获得单碱基分辨率水平的数百万条小RNA序列信息,依托强大的生物信息学分析平台,鉴定已知小RNA,并预测新的小RNA及其靶标基因。

技术路线图:
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生物信息学分析:
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常规分析:

1.测序数据质控分析
2.高质量序列与miRNA数据库比对
3.小RNA分类及注释:miRNA, siRNA, piRNA, rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA, repeat asscociated sRNA等
4.预测新的miRNA
5.miRNA靶基因预测
6.靶基因功能注释、GO富集分析和代谢通路富集分析
7.miRNA表达谱分析

高级分析:
8.样本间miRNA表达差异分析
9.与mRNA进行关联分析(需要有mRNA数据)

个性化分析:
10.根据客户需求进行个性化定制分析。


案例解析:
 

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                    (Jex, Aaron R., et al., 2014)


小RNA的差异表达分析

自组织热图分析揭示猪鞭虫的幼虫、成体及组织特异文库中小RNA的转录表达差异。



测序策略及数据量
测序策略:PE36或PE50
建议数据量:一般测序:10M reads 或15M reads;
深度测序:20M reads


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