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LncRNA测序(数据分析)

  • LncRNA测序
  • Illumina高通量测序
  • 高通量
  • 数据处理
  • 数据分析
  • 生物信息分析
  • 生物信息学分析

价格: 4,000元/样品

地 址:北京

周 期:30个工作日

服务简介

(1)自主构建的NONCODE数据库是国际著名的 LncRNA 注释数据库,目前已被 ISI 收录,且有两大国际联盟Genecards 和 RNAcentral 主动邀请 NONCODE 数据库加入其组织,并与NONCODE数据库建立互引机制。NONCODE数据库的SCI 引用次数达千余次,点击数过亿 (2)自主研发LncRNA分析、鉴定软件CNCI,LncRNA功能预测软件ncFANs,发表于Nucleic Acids ReSearch(IF 9.2),通过对mRNA与LncRNA进行数据及关联分析,注

服务详情

LncRNA测序简介

长链非编码RNA(LncRNA)指长度超过200nt不编码蛋白的一类RNA,其可与DNA、RNA或蛋白质结合,能在表观遗传、转录、转录后调控等方面发挥重要作用。LncRNA与人类的多种疾病密切相关,如神经退行性疾病、先天发育缺陷、癌症等。通过高通量测序技术并依托强大的生物信息分析平台,可对已知、未知LncRNA进行表达分析及功能注释,在此基础上,与特定生物学现象联系起来,可以揭示与之相关的遗传特性或发病机理。


实验流程


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样本要求

1、 长链非编码RNA:无论动物植物,请一次性提供8μg的高质量总RNA;为保证实验的延续性,一次性提供至少2次样本制备量。

2、 样品类型:物种-人;完整且无污染的总RNA; FFPE样品;

3、 样品需求量:植物、真菌:≥2 ug;动物及原核生物:≥1 ug;FFPE:200ng;血清血浆:20ng

4、 样本浓度:植物、真菌:≥250ng/ul;人、大鼠、小鼠:≥65 ng/ul;其它类型动物:≥150 ng/ul;原核生物:≥65 ng/ul

5、 样品纯度:真核:OD260/280=1.8~2.2;OD260/230≥2.0;RIN≥7.0(动物),RIN≥6.5(植物),28S/18S≥1.0;昆虫样本无此指标;原核:OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.8;RIN≥6.0;23S/16S≥1.0;

6、 样品保存:请选择乙醇、DEPC水保存样品,并在样品信息单中注明。

7、 样品运输:样品请置于1.5ml管中,并使用封口2膜封好后干冰运输。请勿反复冻融。


测序深度

1. 一般测序8~10Gb,推荐12 Gb clean data ,PE125 / PE150 / PE250

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结果展示

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图1:信号转导网络通路图


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图2:不同类型RNA表达水平分布图组

blob.png图3:组织特异性表达聚类热图


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图4:不同组织LncRNA个数韦恩图


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图5:邻近基因密度分布图


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图6:KEGG pathway 通路富集图


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图7:皮尔森相关系数分布图


blob.png图8:变异系数图


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