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荧光收集共用一个物镜，物镜的焦点即扫描激光的聚焦点，也是瞬时成像的物点。系统经一次调焦，扫描限制在样品的一个平面内。调焦深度不一样时，就可以获得样品不同深度层次的图像，这些图像信息都储于计算机内，通过计算机分析和模拟，就能显示细胞样品的立体结构。
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1.石蜡包埋及切片： 石蜡切片（paraffin section）的基本原理是用固定剂石蜡固定组织、细胞以及各种亚细胞器，保持组织微细结构，制成薄片，并用不同的染色方法增加各部分色差，在显微镜下观察组织、细胞的形态结构，或利用化学或物理方法显示组织、细胞内的某些化学成分，并可进行形态和化学成分的定量分析。 2.冰冻包埋及切片： 冰冻切片（frozen section）是一种在低温条件下使组织快速冷却到一定硬度，然后进行切片的方法，能够较完好地保存细胞膜表面和细胞内多种酶活性以及抗原免疫活性。
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番红固绿染色,简称称番固染色，是用于观察植物组织不同组织形态的一种染色，染色后，组织木质化、木栓化的细胞壁染成红色；纤维素细胞壁染成绿色；导管染成红色，筛管染成绿色。
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冰冻切片（frozen section）是一种在低温条件下使组织快速冷却到一定硬度，然后进行切片的方法，其制作过程快捷，简便，且能较完好的保存细胞膜表面和细胞内多种酶活性及抗原的免疫活性。
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免疫组化实验根据抗原抗体反应和化学显色原理，组织切片或细胞标本中的抗原先和一抗结合，再利用一抗与标记生物素、荧光素等的二抗进行反应，前者再用标记辣根过氧化物酶（HRP）或碱性磷酸酶（AKP）等的抗生物素（如链霉亲和素等）结合，最后通过呈色反应或荧光来显示细胞或组织中化学成分，在光学显微镜或荧光显微镜下可清晰看见细胞内发生的抗原抗体反应产物，从而能够在细胞爬片或组织切片上原位确定某些化学成分的分布和含量。
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DAPI即4\',6-二脒基-2-苯基吲哚(4\',6-diamidino-2-phenylindole)，是一种能够与DNA强力结合的荧光染料，常用于荧光显微镜观测。因为DAPI可以透过完整的细胞膜，它可以用于活细胞和固定细胞的染色。
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油红0染色别名：油红O；苏丹红5B；溶剂红27；1-([4-(二甲苯偶氮)二甲苯]偶氮)-2-萘酚
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番红固绿染色,简称称番固染色，是用于观察植物组织不同组织形态的一种染色，染色后，组织木质化、木栓化的细胞壁染成红色；纤维素细胞壁染成绿色；导管染成红色，筛管染成绿色。
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甲苯胺蓝染色为识别组织细胞中各种不同的组分（胶原、网状纤维、弹性纤维、肌肉、纤维素、淀粉等），利用各种染料进行染色的方法，简称特染。主要的方法有Masson三色染色法（胶原组织显示为蓝绿色）、网状纤维染色银染（网状纤维显示为黑色）、磷钨酸苏木素染色法（ 横纹肌显示为蓝色 ）、六胺银法（基底膜显示为深黑色） 、 神经元尼氏染色、 软骨甲苯胺蓝染色 、 核仁组织区嗜银染色-AGNOR染色 、碱性磷酸酶染色 等方法，病理特染是进行辅助诊断或病理科研的必要和快捷的方法之一。
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PAS染色法（Periodic Acid-Schiff stain）在组织学上，主要用来检测组织中的糖类。过碘酸把糖类相邻两个碳上的羟基氧化成醛基，再用Schiff试剂和醛基反应使呈现紫红色。
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