同工酶(isoenzyme)是指蛋白的分子结构、理化性质乃至免疫学性质不同，但是催化的化学反应相同的一组酶。这类酶存在于生物的同一种属或同一个体的不同组织、甚至是不同的细胞中。同工酶的产生是由于生物进化过程中对代谢过程的的适应。越是关键的代谢调控酶或与外界环境密切相关的酶，同工酶也越普遍，同时分子类型也越多。通过同工酶谱的分析，我们可以研究物种进化、遗传变异、杂交育种、个体发育差异等多种信息。