Sequenom公司甲基化研究平台适合于特定DNA片段甲基化的研究。在经过全基因组甲基化芯片或启动子区甲基化芯片初步筛选后，对差异甲基化基因位点的技术验证和生物学独立验证；或者研究者已确立甲基化基因目标，或只对某些特定DNA甲基化的检测有兴趣的情形。Sequenom公司DNA甲基化采用专业的引物设计软件，无需进行PCR 产物纯化，无需任何荧光标记，是研究几个到几百个甲基化位点的理想手段。
       DNA甲基化分析采用MassARRAY EpiTYPER流程，该过程结合碱基特异性酶切(分子切割)和MALDI-TOF检测原理，可实现多重CpG的分析检测，同时具有DNA甲基化定量分析能力。   

Sequenom MassARRAY Methylation检测基本原理
 
1）将待测DNA经过亚硫酸盐处理，DNA中未甲基化胞嘧啶(C)转变为尿嘧啶(U)，而甲基化修饰的胞嘧啶不变；
2）通过PCR扩增过程引入T7-启动子序列，经T7 DNA聚合酶的体外转录过程得到各样本RNA产物；
3）经过碱基特异性酶切处理，得到RNA小片段，并用飞行质谱检测每个片段的分子量，最后 EpiTYPER程序完成数据的自动化处理并报告每个检测片段的甲基化程度。

技术优势
 
高灵敏度：可发现低至5%甲基化修饰，样本起始量低至10 ng。
重复性好：CV≤5%。
高性价比：用384孔板进行 PCR 反应，一个扩增产物可以进行多重 CpG位点分析，数据无需后续验证，可直接发表结果。单片段最长可检测500bp。