服务简介

单细胞转录组测序简介

单细胞转录组测序是在单细胞水平对转录组进行扩展与测序的一项新技术，通过分析能够研究单细胞中RNA分子的基因表达定量、功能富集、可变剪切等。它可以解决传统RNA测序技术存在的无法对极低样本量测序或无法获得单个细胞异质性信息的问题。单细胞转录组测序分析适用于研究单个细胞内的基因表达情况、分析存在高度异质性的干细胞、肿瘤细胞及胚胎发育早期的细胞群体。

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实验流程

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样品要求

1. 样品类型：活体新鲜完整细胞；不适于经固定、染色等处理的样本；

2. 样品体积：在显微镜或其他设备辅助下分离，得到的单细胞样本体积以不高于0.5μl为宜；

3. 目前可接收哺乳动物的生殖细胞、早期胚胎细胞、体细胞等。

4. 分离单细胞时尽量减少细胞损伤，保证细胞活性。推荐口吸管分离。

5. 确保操作环境无外源污染。设置阴性对照。

6. 避免反复冻融，置入细胞后的裂解液干冰运送，运输时间不要超过72小时，确保样品送达时有足量干冰留存。

7. 直接使用公司提供的0.2mL平盖PCR管作为采集管，管盖标注编号；细胞样本需采用缓冲液洗涤；裂解液避免反复冻融。注意避免起泡；

8. 操作过程中请尽量将采样管置于低温环境下(如冰上)。 样本采集管需要用Parafilm封口膜缠绕封口，装入PCR管盒，橡皮筋固定，再装入自封袋，-80℃暂存，大体积干冰运输；防止液体状态下管身颠倒使细胞附于采样管内壁上部；

9. 送样量：单细胞基因组扩增，建议重复单细胞样本个数不小于5个；

10. 细胞采样后，请置于96孔管盒中，避免采样管倾倒，尽快寄送，若需保存请置于-80℃。

测序深度

1. 150PE，hiseq4000

注：针对大批量细胞的测序，可以进行低深度潜覆盖测序；对于细胞之间亲缘关系较大的，可以适量增加测序深度。针对小规模细胞测序，研究功能性变化的，可参考常规全基因组重测序/外显子组测序/目标区域测序的测序深度。其余个性化研究目的，测序深度视不同的研究目的可适度调整。

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结果展示：

图1：根据细胞UMI个数和基因数量绘制散点图，对离群细胞进行过滤

图2：t-SNE对细胞分类结果进行可视化

图3：对不同Cluster中的差异表达基因进行结果展示

图4：根据表达量对细胞群体进行聚类分析

图5：样本进化关系展示

图6：对细胞群体进行虚拟时间分析，模拟细胞分化发育过程