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16S测序

  • 16S测序
  • 高通量
  • 生物信息分析
  • 数据分析

价格: 350元/样品

地 址:北京

周 期:20个工作日

服务简介

16S rDNA扩增子测序(16S rDNA Amplicon Sequencing),通常是选择某个或某几个变异区域,利用保守区设计通用引物进行PCR扩增,然后对高变区进行测序分析和菌种鉴定,16S rDNA扩增子测序技术已成为研究环境样品中微生物群落组成结构的重要手段。根据所扩增的16S区域特点,基于Illumina MiSeq或者Illumina HiSeq测序平台,利用双末端测序(Paired-End)的方法,构建小片段文库进行双末端测序。通过对Reads拼接过滤,OTUs(Operational

服务详情

实验流程

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样品要求

1. DNA样本:

1) 样本要求:DNA总量≥150ng;DNA浓度≥5 ng/μl; OD260/280=1.8~2.0;无蛋白质、RNA或肉眼可见杂质污染

2) 样本保存及运输:请选择干粉、酒精、TE buffer或超纯水一种保存,并在样品信息单中注明,送样时请使用冰袋或干冰运输(样本保存期间切忌反复冻融)。

2. PCR产物:

1) 样本要求:DNA总量≥1ug;DNA浓度≥10 ng/μl;OD260/280=1.8~2.0;确保PCR产物无降解

2) 样本保存及运输:送样时请使用冰袋或干冰运输(样本保存期间切忌反复冻融)。

3. 菌体样本:

 

类型

小片段

2-5k大片段

5-10k大片段

菌体(干重)

≥0.8g

≥2g

≥3g

菌体(对数生长期)

≥3ml

≥25ml

≥50ml


4. 测序策略:Miseq 2×150或Hiseq 4000×150

5. 指标:单个样品至少100Mb

6. 项目周期:30-55个工作日

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结果展示

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图1:进化分支图

注:在进化分支图中,由内至外辐射的圆圈代表了由门至属(或种)的分类级别。在不同分类级别上的每一个小圆圈代表该水平下的一个分类,小圆圈直径大小与相对丰度大小呈正比。着色原则:无显著差异的物种统一着色为黄色,差异物种Biomarker跟随组进行着色,红色节点表示在红色组别中起到重要作用的微生物类群,绿色节点表示在绿色组别中起到重要作用的微生物类群。图中英文字母表示的物种名称在右侧图例中进行展示。


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图2:PCA分析图

注:横坐标表示第一主成分,百分比则表示第一主成分对样品差异的贡献值;纵坐标表示第二主成分,百分比表示第二主成分对样品差异的贡献值;图中的每个点表示一个样品,同一个组的样品使用同一种颜色表示;在有聚类圈的PCA图中,以分组信息添加聚类圈。

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图3:RDA排序图

注:在RDA排序图内,环境因子一般用箭头表示,箭头连线的长度代表某个环境因子与群落分布和种类分布间相关程度的大小,箭头越长,说明相关性越大,反之越小。箭头连线和排序轴的夹角代表某个环境因子与排序轴的相关性大小,夹角越小,相关性越高;反之越低。环境因子之间的夹角为锐角时表示两个环境因子之间呈正相关关系,钝角时呈负相关关系。


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图4:各样品的相对丰度统计结果

注:横坐标(Sample Name)是样品名;纵坐标(Relative Abundance)表示相对丰度


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图5:基于Unweighted Unifrac距离的UPGMA聚类树

注:左侧是UPGMA聚类树结构,右侧的是各样品在物种相对丰度分布图。


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图6:PcoA分析结果


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图7:OUT分析花瓣图结果

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