实验服务
CRISPR/Cas9概述技术原理： CRISPR/Cas9（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats）是最新出现的一种由RNA指导Cas核酸酶对靶向基因进行特定DNA修饰的技术，是一个细菌及古细菌进化出来用以抵御病毒和质粒入侵的适应性机制。CRISPR/Cas系统的高效基因编辑功能已被应用于多种生物，包括斑马鱼、小鼠、大鼠、秀丽隐杆线虫、植物。CRISPR/Cas9技术特点：1）可实现对靶基因多个位点或多个基因同时敲除；2）可对基因进行定点修饰（Tag、GFP、RFP、点突、条件性敲除），效率高。3）实验周期短，价格低；4）可应用于大、小鼠等，无物种限制。捷易的特色： 传统的基因打靶技术十分繁琐，成本高，效率极低，而且存在外源基因整合的问题。捷易基于最近国际最新的基因编辑技术——CRISPR/Cas9系统，建立并优化了一整套干细胞的电转及打靶方法和动物模型实验方法，不仅使得细胞基因打靶效率提高了1-5万倍，更为重要的是做到了非整合性，提高了疾病基因修复的安全性。同时，该方法可以对一株细胞系进行多个基因的打靶，达到构建多基因连锁的疾病模型的目的。此外，基于临床表征，可以快速建立相应的小鼠及大鼠疾病（单基因或多基因）模型，3月内就能完成小鼠定点突变。1. 基因敲除，用于构建疾病动物模型： 代谢病大鼠模型： (左侧为模型大鼠，右侧为野生型）2. 基因定点敲入，用于指定基因的荧光标记： 红色荧光蛋白mCherry定点敲入后的小鼠受精卵3. 条件性基因敲除，用于特定组织器官或发育过程中基因功能的研究： 条件性基因敲除主要是通过染色体位点特异性重组酶系统Cre-LoxP和FLP-Frt来实现的。比如在待敲除的一段目标DNA序列的两端各放一个LoxP（或Frt）序列，得到flox（Flanked by loxP)小鼠。将flox小鼠与带有细胞特异性表达的Cre(或Flp)的小鼠交配繁殖，以获得在特定细胞里把目标基因敲除掉的小鼠，即条件性基因敲除小鼠。其应用可以使靶基因的表达或缺失发生在实验动物发育的某一阶段或某一特定的组织器官，从而使对小鼠基因组的修饰的范围和时间处于一种可控状态。此外，若与控制Cre或Flp表达的其他诱导系统相结合，还可以对某一基因同时实现时空两方面的调控。备注：可选用dCas9的方式敲除，有效降低脱靶概率。
CRISPR/Cas9概述技术原理： CRISPR/Cas9（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats）是最新出现的一种由RNA指导Cas核酸酶对靶向基因进行特定DNA修饰的技术，是一个细菌及古细菌进化出来用以抵御病毒和质粒入侵的适应性机制。CRISPR/Cas系统的高效基因编辑功能已被应用于多种生物，包括斑马鱼、小鼠、大鼠、秀丽隐杆线虫、植物。CRISPR/Cas9技术特点：1）可实现对靶基因多个位点或多个基因同时敲除；2）可对基因进行定点修饰（Tag、GFP、RFP、点突、条件性敲除），效率高。3）实验周期短，价格低；4）可应用于大、小鼠等，无物种限制。捷易的特色： 传统的基因打靶技术十分繁琐，成本高，效率极低，而且存在外源基因整合的问题。捷易基于最近国际最新的基因编辑技术——CRISPR/Cas9系统，建立并优化了一整套干细胞的电转及打靶方法和动物模型实验方法，不仅使得细胞基因打靶效率提高了1-5万倍，更为重要的是做到了非整合性，提高了疾病基因修复的安全性。同时，该方法可以对一株细胞系进行多个基因的打靶，达到构建多基因连锁的疾病模型的目的。此外，基于临床表征，可以快速建立相应的小鼠及大鼠疾病（单基因或多基因）模型，3月内就能完成小鼠定点突变。基因敲除/敲入细胞系构建服务流程及周期：备注：可单独提供靶向sgRNA/Cas9载体和打靶载体DonerVector构建技术服务。应用案例：基因敲除细胞系进行药筛研究 剂量-反应曲线显示，基因敲除细胞系（左）对药物的反应与对照相比有明显差异，而基因下调细胞系（右）中未显示差异。
iPS概述技术原理：诱导多能干细胞（induced pluripotent stem cells, iPS cells）最初是日本人山中申弥（Shinya Yamanaka）于2006年利用病毒载体将四个转录因子（Oct4, Sox2, Klf4 和c-Myc）的组合转入分化的体细胞中，使其重编程而得到的类似胚胎干细胞（ES）的一种细胞类型。优点：1）与经典的胚胎干细胞技术和体细胞核移植技术不同，iPS技术不使用胚胎细胞或卵母细胞，因此避免了伦理学的问题；2）利用iPS技术可以用病人自己的体细胞作为诱导材料，细胞来源广泛，可以制备病人特异性的干细胞（iPS细胞），又可进一步分化为多种特定细胞类型，避免异体细胞移植存在的免疫排斥问题。应用：1）建立人类疾病iPS细胞库2）建立特定疾病的细胞模型（个性化模型）3）疾病模型的建立用于药物筛选等4）干细胞水平的治疗（个性化治疗）5）再生医学治疗常见应用思路：（1）对于比较难获取的遗传病例，可用正常人的iPS细胞经过基因编辑技术（如CRISPR/Cas9）获得相应突变的iPS细胞, 并进行诱导分化至所需要的模型，用于做进一步的机制研究、药物筛选或修复治疗方面的研究。（2）如果是有遗传性疾病需要模型进行研究，就可以用相应疾病病人的血液、成纤维细胞或尿道上皮细胞从而建立病人特异性的iPS细胞并分化成所需要的模型，然后做相关研究。（1） （2） iPS细胞建系疾病相关的hiPS细胞研究虽然已在这些年里取得了重要的进展，但是其中一些挑战还需要继续突破。自人类hiPS细胞被诱导成功开始，生物学家们一直在优化iPS细胞的诱导方式，包括：重编程蛋白投递方式、人工合成的mRNA转染方式以及腺病毒，仙台病毒介导等。2012年美国科学家采用episomal质粒（非整合型质粒）电转诱导方式，从人脐带血中成功诱导获得了非整合型的hiPS细胞。这项研究提示了，个体外周血细胞可能也能够通过此种方式进行体细胞的诱导型重编程。捷易生物运用非整合型质粒电转方式，已成功并高效地从少量人外周血（3ml外周血），尿液脱落细胞（250ml尿液）和皮肤成纤维细胞中诱导出非整合型hiPS细胞，现在推出非整合型人iPS细胞建系、鉴定、保存、基因编辑和分化服务。 非整合型hiPS细胞建系服务流程及周期：hiPS细胞诱导简易模式图：捷易的优势：1）取材灵活（外周血、尿液、皮肤、牙周间充质）2）非整合型质粒电转、不用shp53（无整合）3）Xeno-free培养、全体系无血清（无异源性物质）4）高效安全基因修复或建模打靶（无整合，效率30%以上）
一、概述转录组学的研究对象包括mRNA和非编码RNA等。二代测序技术可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一个状态下几乎所有转录本的序列信 息和表达信息，从而准确地分析不同转录本的表达差异、基因结构变异、发现未知转录本和稀有转录本、筛选分子标记（SNPs或SSR）等生命科学的重要问题。服务优势：● 高质量的文库制备，采用KAPA的mRNA/核糖体去除RNA建库试剂盒● 链方向特异性● 常规建库样本量可低至100ng总RNA● 扩增运用全球最强KAPAHiFi酶，有效降低扩增偏差和增强覆盖度● 低丰度转录本覆盖度高适用研究：1）观察疾病发生过程中病灶部位内部的基因表达水平变化2）在肿瘤研究中，使用RNA-seq技术可以预测潜在的融合基因3）新lncRNA预测和已知lncRNA表达水平研究4）新物种的转录组数据构建和功能研究二、流程三、数据分析 1 、对原始数据进行质控，得出相应的质控报告，质控合格后进行后续分析。 2 、对原始数据进行清洗过滤，去除低质量数据。 3 、将数据比对到标准参考基因组，生成*.bam格式的数据。 4 、将比对的结果（alignments）组装转录本。 5 、将多个转录本集合合并成一套转录本集合。 6 、衡量两个或多个样本间差异表达的基因，然后利用差异表达基因进行功能和通路分析。 7 、利用比对结果数据进行新转录本预测、融合基因分析、SNP、Indel分析、对变异位点进行功能注释（多种注释数据库）等。
一、概述FFPE样本与测序数据质量FFPE（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded）样本是指用福尔马林固定石蜡包埋的方法进行处理的样本。由于在FFPE组织标本的制备和贮存过程中，组织经福尔马林固定、石蜡包埋后很容易引起DNA的交联和降解，研究者很难抽提得到足量高质量的DNA，从而导致NGS的数据质量很低，浪费了大量的人力财力物力，却没有得到有效的实验数据。三轮质检报告第一轮质检报告首先，捷易会根据肿瘤细胞形态、肿瘤细胞所占百分比、有无坏死、有无自溶这四个方面对客户提供的FFPE样本进行病理学分级，对是否进行下一步操作给出建议。若不符合要求，则建议客户重新提供样本；若通过病理筛查，则继续安排DNA抽提。第二轮质检报告接着，捷易会对抽提得到的DNA进行定量及质量检查。利用三对引物分别扩增41bp、129bp、305bp片段长度的DNA，通过41bp扩增子与标准品对比来进行DNA的绝对定量；通过129bp和/或305bp扩增子与41bp扩增子相对定量的比值Q129bp/Q41bp及Q305bp/Q41bp来进行DNA的质量评价。研究证明，Q比值与平均靶序列覆盖度成正比，与重复率成反比，当Q比值>0.4时，则认为该样本抽提得到的DNA可以继续进行全外显子捕获的文库构建；当Q比值