高通量测序服务产品描述上海吉玛制药技术有限公司为您提供以下技术服务:1 基因组学基因组重测序细菌基因组测序真菌基因组测序目标区域深度测序2 转录组学Small RNA 深度测序转录组学测序数字基因表达谱测序3 表观遗传学全基因组重亚硫酸盐修饰甲基化测序甲基化DNA免疫共沉淀测序染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)高通量测序服务流程smallRNA高通量测序服务Small RNA测序用于新的Small RNA 的发现和验证,Small RNA表达谱分析等。Small RNA 深度测序 small RNA 包括micro RNAs 和小干扰RNA。miRNA长19-25个核苷酸左右,由动物和植物的基因组编码产生的部分互补的双链前体切割产生。miRNA 与小干扰RNA (small intering RNA,siRNA)有相似之处,后者是在RNA诱导的基间沉默或RNA 干扰(RNAi)中产生。动物中si RNA 约有21-25nt,由多功能域核酸酶Dicer切割双链RNA (ds RNA)产生。双链的si RNA 进入RNA 诱导复合物(RNA- induced silencing complex,RISC)中,找到与si RNA 双链中的一条链完互补的的mRNA 并将其切割。这种基因沉默过程发生于动物、植物以及某些酵母中。应用新一代低成本快速测序技术,提供解密小RNA 图谱的方法,主要应用于:新的Small RNA 的发现和验证,Small RNA表达谱分析等。吉玛依据Ion TorrentTM个体化基因组测序仪(PGM)测序平台,开展了small RNA高通量测序服务,可以根据客户要求对测序数据进一步分析:不同样本间small RNA表达水平差异,鉴别rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA并预测新的microRNA,预测microRNA的靶点基因。RNA转录组高通量测序服务全基因组水平RNA转录谱是基因组研究发展迅速的工具。转录组分析可以用来推测基因的功能。细胞在一定条件下的转录状态具有一定的特征,可以与处于其它生长条件下的细胞进行比较。根据表达模式的相似性可以推断一些未知基因的功能。转录组高通量测序(RNA-Seq) 转录水平的调控是基因表达调控最主要的一个,蛋白质合成的速率通常与转录的速率有关,只有少数基因在转录后的翻译水平上进行调控的。转录组是指细胞中全体mRNA分子的多样性,在很大程度上可以通过细胞中相应蛋白质的多样性来反应。高通量测序平台的出现,为实现全基因组水平RNA转录谱分析提供了条件。通过计算从基因转录来的mRNA的数目来分析一个样本内几乎所有基因表达水平,高通量测序分析不需要对被研究的基因进行预先鉴定,而且具有很高的灵敏度,可以检测到每个细胞中只有数个拷贝的mRNA分子。高通量测序技术的出现将会有力推进系统生物学研究相关数据库发展。 图1 m RNA测序文库构建RNA数字表达谱高通量测序利用高通量测序技术测定样本中每个转录本3’端一段特定的标签序列来定量相应转录本的表达水平以及比较样本之间基因表达差异。因采用通用接头,可以样本快速进行测序,利用高通量测序技术测定样本中每个转录本3’端一段特定的标签序列来定量相应转录本的表达水平以及比较样本之间基因表达差异。因采用通用接头,可以样本快速进行测序,检测某一物种特定状态下的基因表达情况。构建数字基因表达谱(Digital Gene ex pression Profile)。利用新一代高通量测序技术和高性能的计算分析技术,能够全面地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况,可以应用于肿瘤基因药物筛选,分子育种、药物研发及基础研究等领域。数字基因表达谱测序服务流程:1.样品RNA准备2.测序文库构建(1)使用oligo dT微珠纯化mRNA(2)cDNA反转录反应合成合成第一链链cDNA(3)合成第二链DNA(4)用限制性内切酶DpnII或NlaII消化cDNAI.(5)连接特定接头至5’端(4)使用标签酶MmeI消化获得21bp标签序列(5)连接特定接头至3’端(6)高保真聚合酶富集构建成功的测序文库(7)高通量测序(8) 数据分析,甲基化DNA免疫共沉淀测序甲基化DNA免疫共沉淀测序技术可以较低的成本进行多样品间的全基因组DNA的甲基化差异分析,特别适用于大样本量的疾病表观研究。甲基化DNA免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq) 甲基化DNA免疫共沉淀测序技术(MeDIP Sequencing):基因组经超声破碎成小片段, 利用抗5′-甲基胞嘧啶的抗体富集高甲基化的片段,利用MeDIP结合高通量测序技术可以对基因组中的DNA甲基化区域富集后进行高通量测序,可以快速有效地寻找基因组上的甲基化区域,进行多样品间的全基因组DNA分析,从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。甲基化DNA测序服务流程,,重亚硫酸盐修饰测序全基因组甲基化重亚硫酸盐测序用于研究全基因组中高精确度甲基化修饰模式的分析,能够绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱。全基因组重亚硫酸盐修饰甲基化测序 在表观遗传学的研究中,DNA的甲基化直接制约基因的活化状态。最近二十年的研究发现CpG双核苷酸位点的5甲基胞嘧啶,在许多与正常发育相关的基本细胞过程中起到极其重要的作用,包括分化、基因组印记和X染色体失活。此外DNA甲基化和其他生命过程也有重要的联系。 Bisulfite处理能够将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U,进行PCR扩增后变成T,与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来,再结合高通量测序技术,可绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。技术路线及测序流程 ChIP-Seq 高通量测序服务Chip分析是一种鉴别蛋白结合已知启动子上DNA结合位点的有效方法,但若与高通量测序结全进而在全基因组水平上鉴别白质结合位点,会更显示威力。Chip分析是一种鉴别蛋白结合已知启动子上DNA结合位点的有效方法,但若与高通量测序结全进而在全基因组水平上鉴别白质结合位点,会更显示威力染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq) 观察了特定条件下有哪些基因表达,自然想进一步了解是哪些转录因子参与这些被调节基因表达的调控。因此,我们需要一种方法,能够鉴定胞内特定转录因子真正结合的DNA序列。染色质免疫沉淀技术(Chromatin immunoprecipitian,Chip)正好能满足这一需求。 利用甲醛处理生长细胞、甲醛作为一种交联剂可以使紧密接近的蛋白质和DNA共价结合,再裂解细胞,利用超声将DNA切成500bp左右长度的片段,此过程中甲醛交联作用不会破坏,这样蛋白仍会结合其识别的DNA结合位点。利用抗此蛋白的特异抗体与蛋白相互作用,进而可以将与将蛋白交联的DNA片段与其他组分分离。抗原抗体复合物可以通过与抗体特异结合的磁珠(beads沉淀。将免疫沉淀物加热至65℃维持12~18h,破坏交联作用,进而DNA从复合物中释放。技术路线及测序流程:我们的联络方式如下:地址:上海浦东张江高科技园区哈雷路1011号, 邮编 201203公司名称:上海吉玛制药技术有限公司电话:021-51320195,0512-86668828E-mail:order@genepharma.com ( 产品订购 )support@genepharma.com, szseq@genepharma.com( 技术支持 )样品要求&l
动物活体实验外包服务吉玛小鼠成瘤实验及siRNA药物干扰实验基本流程 1、siRNA oligo 体内注射(局部或静脉);2、shRNA Vector 体内注射(局部或静脉);3、Lentivirus 体内注射(局部或静脉);4、裸鼠成瘤实验;5、体重整体形态、局部组织大体拍照;6、组织细胞切片、免疫组化、HE等观察订购须知及联系方式:1、请客户提供详细动物实验方案及特殊要求,以便拟定合同和报:双方协商一致后签订技术服务合同,我们严格按照服务合同开展技术服务。 E-mail:rnaisupport@genepharma.com;Office:021-51320195-8009
吉玛全程服务用户提供整体实验方案,吉玛通过评估客户需求,围绕公司特色,结合现有平台及扩展平台,利用分子细胞生物学技术,提供真实实验数据,完成客户外包试验。用户提供整体实验方案,吉玛通过评估客户需求,围绕公司特色,结合现有平台及扩展平台,利用分子细胞生物学技术,提供真实试验数据,完成客户外包试验。 1、 筛选有效的干扰片段或病毒1.1 摸索细胞最佳转染或侵染条件 荧光蛋白指示转染效率(一般达70%以上)1.2 RT-PCR1.2.1 RNA提取质量检测电泳图1.2.2 RT-PCR扩增曲线示例(三重复避免系统误差)1.2.3 RT-PCR数据分析示例(计算组内误差)1.2.4 RT-PCR结果柱状图示例(检测干扰效率)1.2.5 靶基因与内参溶解曲线图(检测扩增质量)1.2.6 DNA片段扩增质量检测电泳图1.3 Western Blot1.3.1 蛋白电泳图1.3.2 灰度分析图2、 双荧光素酶系统检测siRNA,microRNA有效性2.1 载体信息及工作原理(基于Promega系统),miRNA靶基因预测双荧光素酶报告系统:吉玛采用promega的psicheck2.0载体系统构建靶基因3‘UTR系统。该系统可检测siRNA/miRNA与靶基因的调控关系,报告荧光(hRluc)验证si/miRNA调控作用,校正荧光(hluc)检测质粒表达效率。另外客户还可选择构建突变UTR系统。具体价格敬请来电咨询。2.2 载体设计及结果(利用psiCheck2.0 Luciferase载体构建,选取已验证的miR-21靶标基因PDCD4 3’-UTR做靶点,分析不同mir21的修饰对靶点结合的影响)3、 进行下游细胞实验3.1 下游靶基因表达量的鉴定常规出示的结果同样包括:RT-PCR、Western,如果涉及分泌蛋白,可以进行Elisa实验,客户可指定检测方法3.2 稳定株筛选实验在药物压力下筛选稳定表达细胞株,常规出示结果包括:RT-PCR、Western,客户可指定筛选及检测方法。 实验过程:1.抗生素筛选浓度确定(致死曲线):2. 细胞接种:转染实验前天接种细胞。转染时细胞密度达到60%~80%;3. 细胞转染(脂质体)或侵染(慢病毒)4. 利用质粒抗性筛选稳定干扰细胞株;5. 目的基因干扰效果验证。 周期2-3个月,提供T25稳筛细胞株一瓶,具体价格敬请来电咨询。3.3 克隆形成率实验采用结晶紫或吉姆萨染色法,检测转入靶基因后细胞增殖情况,常规出示结果包括:克隆染色图及柱状分析图3.4 细胞增殖实验采用CCK8或MTT方法,检测细胞增殖的情况,使用CCK-8方法: 据活细胞线粒体内的脱氢酶可将试剂中的有效成分转变为有颜色的Formazan,并可被酶标仪检测,间接反应活细胞数量。具体价格敬请来电咨询。(包括4组细胞,每个样品3-5个复孔,客户可以选择检测时间点。)常规出示结果包括:3.4.1 原始读数(每个样品5个重复)3.4.2 细胞增殖曲线图3.5 细胞周期实验采用PI染色的方法,在流式细胞仪上对细胞样品进行细胞周期分析3.6 细胞凋亡的分析采用Annexin V / PI ; Annexin V-PE /7-AAD或客户自己提供合适的试剂盒,在流式细胞仪上对细胞样品进行细胞。3.7 细胞迁移实验(Transwell)采用结晶紫或DAPI染色法,检测细胞迁移的能力。或用CKK-8法进行检测。客户需提供:检测细胞及其培养条件和处理方法。选择观察时间点。3.8 细胞侵袭实验(Transwell+ Matrigel Basement Membrane Matrix)采用结晶紫或DAPI染色法,检测细胞侵袭的能力,铺有Matrigel的特殊滤膜,正常细胞不能自由穿过。在下室中加入趋化剂,上室加有经过处理的重悬肿瘤细胞,具有侵袭能力的肿瘤细胞在趋化剂诱导下开始穿膜运动,并粘附在滤膜下表面。具体价格敬请来电咨询。3.9 细胞划痕实验 通过对划痕部位距离差异的计算,检测细胞迁移能力3.10 Confocol实验:通过融合荧光蛋白或荧光二抗,鉴定目标蛋白细胞内定位,利用抗原-抗体特异性结合的原理,用经荧光染料标记的抗体对细胞内的蛋白质进行定性或定量研究的方法。流程:细胞爬片 转染或药物处理 固定透化 封闭 一抗孵育 荧光二抗孵育 荧光显微镜观察拍照。客户需要提供荧光一抗及二抗,具体价格敬请来电咨询。 3.11 粘附实验部分: 本平台是借助CCK8试剂盒可以检测活细胞的功能,检测不同处理组间的粘附差异。 3.12 酶联吸附实验(ELISA) 4步骤帮您轻松检验各种蛋白大分子抗原: (1)将特异性抗体与固相载体联结,形成固相抗体。(2)加受检标本,保温反应,去除未结合物质。(3)加酶标抗体,保温反应。固相免疫标抗体结合。(4)加底物显色。服务价格:检测3-5组样品,每组样品3个复孔,具体价格敬请来电咨询。服务收费标准目录号产品名称价格&l
RNAi项目服务吉玛目前的细胞生物学检测项目主要有:细胞增殖(MTT & CCK-8 )、细胞周期& 凋亡(FACS),侵袭迁移、划痕、粘附、克隆形成等项目。RNAi技术不仅可作为研究功能基因的强大武器,并且可以抑制致病基因的表达并作为一种潜在的治疗方式用于疾病的治疗。RNAi实验的成功关键在于以下几点:l 靶序列的选择和siRNA的设计l 细胞系和细胞培养体系l 转染条件l 靶基因的mRNA的积累和替代比率l 目的蛋白的半衰期l mRNA、蛋白质和表型水平上的精确分析 GenePharma公司RNAi服务团队的专业的技术服务能够帮助客户最大化实现RNAi技术应有的价值和避免一些实验错误。我们的研究队伍将和您一起开发更加广泛有效的的解决方案。RNAi服务包括两个方面:n 化学合成RNAi服务n 载体介导的RNAi服务n 慢病毒介导的RNAi服务GenePharma RNAi 服务应用领域:功能基因组学、基因治疗、药物靶筛选、细胞信号传导通路分析、蛋白质相互作用等。 2.载体介导的RNAi项目服务l shRNA设计:客户需要与我们共同讨论实验方案,并提供靶基因名称、序列或GeneBank ID ID等。 l shRNA合成shRNA载体的选择1. pGPU6/GFP/Neo2. pGPH1/GFP/Neol shRNA载体的选择,GenePharma公司提供pGPU6/GFP/Neo、pGPH1/GFP/Neo等多种载体l 根据客户要求可进一步转染哺乳动物细胞;l 检测抑制效果:荧光定量PCR检测mRNA表达情况、Western Blot检测蛋白表达情况。l 提供实验报告:shRNA序列、构建载体的测序报告;荧光定量PCR检测报告、Western Blot图片等。服务费用:根据具体实验要求而定参考价格如下: 目录号服务项目价格交货期K-01siRNA/shRNA转染、定量PCR检测和Western Blot¥15,0004周K-02siRNA/shRNA转染、定量PCR检测¥13,5004周K-03SiRNA/shRNA转染、Western Blot¥13,5004周 3.RNAi单项服务1.RNAi 设计服务成功的RNAi试验设计是您试验成功的前提。上海吉玛公司专业的设计人员为您提供完整的RNAi试验设计服务。吉玛公司为您提供优化的siRNA,shRNA以及RNAi检测的探针和引物的设计服务。完善的试验设计,精准的靶标以及引物设计让您的试验节省人力和物力。2.RNAi相关试剂的合成服务高质量的siRNA,shRNA载体,RNAi检测的探针和引物是保证您试验准确性和可靠性的关键因素,上海吉玛公司为您提供全套的产品解决方案。3.RNAi转染优化服务为了使得您的试验获得最大化的干扰效果,siRNA或者shRNA的转染条件需要优化。RNAi合成试剂的高效的传递条件需要针对具体的细胞进行转染参数的优化。上海吉玛公司的RNAi 荧光标记的阴性对照可以帮助您进行转染效率的优化。同时上海吉玛公司阳性对照以及实时定量PCR
荧光探针合成吉玛拥有处于国际领先水平的siRNA化学合成、定量PCR荧光探针合成及多种核苷酸化学修饰的全部核心技术,公司的技术队伍以在国外留学和工作多年的资深学者领衔,由多位在该技术领域具有丰富经验的博士和硕士组成。荧光探针合成(Fluorescence Labeled Probe Oligos)吉玛拥有处于国际领先水平的siRNA化学合成、定量PCR荧光探针合成及多种核苷酸化学修饰的全部核心技术,公司的技术队伍以在国外留学和工作多年的资深学者领衔,由多位在该技术领域具有丰富经验的博士和硕士组成。质量管理:我们所有的寡核苷酸都经过严格的合成监控与质量检测,长度与标记由PAGE+HPLC来分析确认品质,确保无污染或部分标记或无标记探针的存在。纯度及长度:可根据要求进行除HPLC及PAGE之外的其它纯化,长度7-40 mers 。产品形式:产品以干粉形式贮运。技术资料:包括合成的序列、纯化方式、Epsilon消光系数值、oligo的分子量、数量(OD量及nmol数)常用的荧光基团和淬灭基团相匹配的探针组合淬灭基团种类荧光报告基团种类DABCYL6-FAM,TET,JOE,HEX,Cy3等TAMRA6-FAM,TET,JOE,HEX等BHQ16-FAM,TET,JOE,HEX,Cy3等BHQ2TAMRA,Cy3,ROX,Texas Red等BHQ3Cy5,Cy5.5等mRNA荧光定量PCR试剂盒吉玛提供的mRNA检测试剂盒为客户提供了一种便捷,准确的基因定量检测方法,吉玛公司为您精心设计的基因特异性引物,并且提供预优化的反应体系,检测特异性强,扩增效率高,为您提供相关基因研究提供了强有力的工具。Custom Real-Time PCR Gene Detection Assay目录号规格价格E02100150 rxns¥600E021002100 rxns¥1,100E021003200 rxns¥2,000E021004300rxns¥2,500E021005500 rxns¥3,600试剂盒组成(20μl 反应体系×100次)Real-Time PCR Master Mix(2×Conc.)* 1.0 ml×1 支 Taq DNA polymerase (5U/μl)20μl×1支 Oligo dT15 (50μM)50μl×1支 dd H2O 1ml×1支 *内含dNTP Mixture, Mg2+等。产品特点预先优化好的荧光定量PCR反应体系;应用TaqMan荧光PCR基因检测技术;实验操作简便,只需加入模板和Taq 酶即可;用本试剂盒就可完成目标基因检测和表达定量研究;轻松获得基因表达实验结果。服务特点您只需要提供您感兴趣基因的GeneBank登录号。免费设计引物和探针服务。免费优化反应体系服务。免费实验过程技术支持服务。试剂盒原理本试剂盒采用Displacement probe和TaqMan荧光PCR基因检测技术。原理请参阅请参阅A2、A4及F2页。GAPDH GeneEndogenous Control Kit目录号规格价格E03002100 rxns¥1,000E03003200 rxns¥1,600E03004300rxns¥2,500E03005500 rxns¥3,800试剂盒组成(20μl 反应体系×100次)Real-Time PCR Master Mix(2×Conc.)*1.0 ml×1支Taq DNA polymerase (5U/μl) 20μl×1支GAPDH RT Primer (10μM) 15μl×1支GAPDH Primer set (5μM)80μl×1支dd H2O 1ml×1支*内含dNTP Mixture, Mg2+等。产品特点预先优化好的荧光定量PCR反应体系;应用TaqMan荧光PCR基因检测技术检测样本中GAPDH基因;实验操作简便,只需加入模板和Taq 酶即可。可直接用于以GAPDH为内参照的基因表达定量研究适用的荧光定量PCR仪器ABI PRISM 7000/7300/7500/7900MJ-opticon、Opticon2及Chromo4 系列Bio-Rad IQ系列、Light Cycler、Rotogen 3000X3000P/4000、FTC-2000β-actin GeneEndogenous Control Kit目录号规格价格E04002100 rxns¥1,000E04003200 rxns¥1,600E04004300rxns¥2,500E04005500 rxns¥3,800试剂盒组成(20μl 反应体系×100次)Real-Time PCR Master Mix(2×Conc.)* 1.0 ml×1支Taq DNA polymerase (5U/μl) 20μl×1支β-actin RT Primer (10μM) 15μl×1支β-actin Primer set (5μM)80μl×1支dd H2O 1ml×1支*内含内含dNTP Mixture, Mg2+等。产品特点预先优化好的荧光定量PCR反应体系;应用TaqMan荧光PCR基因检测技术检测样本中的β-actin基因;实验操作简便,只需加入模板和Taq 酶即可。可直接用于以β-actin为内参照的基因表达定量研究 .适用的荧光定量PCR仪器ABI PRISM 7000/7300/7500/7900MJ-opticon、Opticon2及Chromo4 系列Bio-Rad IQ系列、Light Cycler、Rotogen 3000MX3000P/4000、FTC-2000目录号产品名称规格价格E05001B2M (beta-2-microglobulin) 对照试剂盒50 rxns¥600E05002B2M (beta-2-microglobulin) 对照试剂盒100 rxns¥1,100E05003B2M (beta-2-microglobulin) 对照试剂盒200 rxns¥2,000E05004B2M (beta-2-microglobulin) 对照试剂盒300 rxns¥2,500E06001GUSB (beta glucuronidase) 对照试剂盒50 rxns¥600E06002GUSB (beta glucuronidase) 对照试剂盒100 rxns¥1,100E06003GUSB (beta glucuronidase) 对照试剂盒200 rxns¥2,000E06004GUSB (beta glucuronidase) 对照试剂盒300 rxns¥2,500E07001