实验服务
服务介绍16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。ITS分为两个区域：ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于5.8S和28S之间。扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序，分析序列中的变异。 16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目标区域，通过检测目标区域的序列变异和丰度，以研究样本的微生物多样性及群落组成差异。 服务优势 读长长，扩增子测序采用先进的HiSeq 2500测序平台，可以满足16S 1~2个高变区的测序分析 快速稳定的测序数据分析及交付 项目周期：45天价格：500元/例
服务介绍免疫组库(immune repertoire)是指在任何指定时间，某个个体的循环系统中所有功能多样性B淋巴细胞和T淋巴细胞的总和。T、B淋巴细胞表面的T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR），可特异性地识别并结合抗原进而清除病原体或体内肿瘤细胞。BCR/TCR上的CDR3区域直接决定了BCR/TCR的抗原结合特异性。CDR3由V、D、J三个基因编码，在始祖T/B细胞向成熟T/B细胞分化发育过程中形成的，通过V、D、J基因的重排形成了各种重组序列片段，呈现高度多样性，这就构成了容量巨大的TCR和BCR库。因此，免疫组库研究重点就集中在研究CDR3基因的多样性上。本产品以T/B淋巴细胞表面受体为研究目标，以多重PCR捕获IGH/CDR3区域并结合高通量序列分析为技术手段，识别并量化体内免疫应答增殖克隆，全面评估免疫系统的多样性，可深入追踪感兴趣的克隆功能，为免疫组库全面、系统的研究提供了高效的技术平台，对于疾病发生、发展的分子机制研究有着重要的意义。 健康人和白血病患者免疫组库多样性对比图服务优势 检测精度达到基因序列（单碱基）级别 数据量丰富，单次分析几十万到几百万条序列 适合个体样本分析项目周期：45天价格：TCR 2000元/例， BCR 2000元/例。 二、发表文章1. Zengchao Chen, Chaoting Zhang et al. T cell receptor β-chain repertoire analysis reveals intratumour heterogeneity of tumour infiltrating lymphocytes in oesophageal squamous cell carcinoma.J Pathol. 2016 Aug;239(4):450-8. 2. Lu Z, Zhang C, Sheng J, et al. T cell receptor β‐chain repertoire analysis reveals the association between neoantigens and tumour‐infiltrating lymphocytes in multifocal papillary thyroid carcinoma[J].Int J Cancer. 2017 Jul 15;141(2):377-382.
服务介绍人线粒体DNA是除核DNA外唯一存在于细胞内的遗传物质，由16569个碱基组成，共含有37个编码基因。线粒体遗传结构生理功能的缺陷又与机体的多种遗传疾病和老年退行性疾病的发生密切相关，包括肿瘤、糖尿病、心脑血管疾病、脑疾病、眼病和聋病。迈基诺利用国际专利的GenCap®基因捕获技术，开发出国际最先进水平的线粒体基因捕获试剂盒，为临床科研与诊断提供强大帮助。测序策略PE150；序列分析深度>5000X 服务优势 能够100%覆盖所有线粒体基因 检测每个位点低至0.5%频率的基因突变 降解后的线粒体也可以有效检出，是线粒体研究和疾病分析的最好选择线粒体测序方法对比捕获测序（探针捕获 + NGS测序）100%全长覆盖；平均测序深度＞5000X；突变检测灵敏度可达0.5%；可有效检出古代、降解的线粒体其他研究方法优势缺陷PCR扩增 + NGS测序通量较高较难获得长PCR片段离心分离+ NGS测序提取试剂盒，流程操作流程复杂，成本较高；特异性低PCR扩增 + Sanger测序起始模板量可以很少；可避免线粒体假基因的干扰PCR局限性，只能检测20%以上突变从转录组数据中获得线粒体序列可获得基因功能相关信息成本高；特异性低 项目周期：45天价格：2000元/例， 200个样品以上500元/例。二、发表文章1. An W, Zhang J et al. Mutation analysis of Chinese sporadic congenital sideroblastic anemia by targeted capture sequencing.J Hematol Oncol. 2015 May 20;8:55. 2. Ning C, Gao S, Deng B et al. Ancient mitochondrial genome reveals trace of prehistoric migration in the east Pamir by pastoralists.J Hum Genet. 2016 Feb;61(2):103-8.
长链非编码RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）是一类长度大于200bp且不编码蛋白质的RNAs（不含tRNAs与rRNAs），具有二级结构，可以与DNA、RNA以及蛋白质相互作用，通过在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调控基因的表达，广泛参与机体的生理和病理过程。近年来的研究表明，lncRNA广泛参与各种生物学过程，lncRNA的异常表达与包括癌症、心血管疾病在内的多种疾病密切相关。依托于陈润生院士团队强大的生物信息分析、多数据库整理、探针设计的实力，以及迈基诺GenCap®专利技术捕获平台，迈基诺基因科技股份有限公司与中国科学院生物物理研究所陈润生院士团队联手开发了人类长链非编码 RNA捕获测序平台。通过开展特异性捕获，辅以高通量测序，将高效检测与癌症、多种疾病高度相关的lncRNA的表达变化。整个探针设计涵盖超过20种癌症及多种疾病的近5千个lncRNA编码基因，约1万多个转录本，能全面解读lncRNAs蕴含的分子生物学信息，为后续lncRNAs功能研究及疾病生物标志物筛选提供支持。 服务优势 捕获测序比较优势方法RNA-seqLncRNA芯片迈基诺lncRNA捕获测序优势全面反映样本情况快速、简便准确性高；捕获效率高；有效检出低丰度LncRNAs劣势LncRNAs检出率低只针对探针设计涵盖LncRNAs；假阳性率较高；只针对探针设计涵盖的LncRNAs lncRNAs捕获测序展现更高的效率，较小的数据量实现更大通量 获得的LncRNAs比率更高 捕获芯片优异的富集作用，可使前100-前5000个高表达的基因中lncRNA所占的比例提高了几十倍项目周期：45天价格：4000元/例
病毒是目前发现的最小病原体，由于能够诱发细胞癌变，所以又被称为病毒致癌因子，属于三种致癌因子之一。病毒诱发人体细胞癌变的主要机制是将自身基因组整合进入人的基因组中。同一种病毒的不同亚型的感染，病毒基因组的突变，以及病毒基因组在人类基因组上整合位置的不同都会对患者的病理进程、治疗效果以及预后产生影响。因此，对于致癌病毒的基因组研究应该涵盖亚型识别，突变以及整合位点检测三个方面。 类型检测亚型研究对象ViralCap HPV6,11,16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58,59,66,68,69,82等32种主要亚型宫颈癌、食管癌，以及由HPV侵染引起的癌症患者ViralCap EBV全EBV基因组（~180k）捕获，覆盖4WT，AG876，B95-8,GD1，GD2，HKNPC1等24种亚型鼻咽癌、淋巴瘤、胃癌，以及由EBV侵染引起的癌症患者ViralCap HBVA,B,C,D,E,F,G,H 8种亚型肝癌，以及受HBV侵染的癌症患者 服务优势 病毒分型、突变以及整合分析同时完成 灵敏度可达0.05% 和全基因组测序相比，有效降低测序成本 适合大样本量验证测序策略PE100, PE125, PE150，平均测序深度: 500X项目周期：45天EBV/HPV/HBV捕获价格：3000元/例 二、发表文章1.Ying Liu, Zheming Lu, Ruiping Xu, Yang Ke. Comprehensive mapping of the human papillomavirus (HPV) DNA integration sites in cervical carcinomas by HPV capture technology. Oncotarget. 2016 Feb 2;7(5):5852-64. 2.Ying Liu, Wenjun Yang, Yaqi Pan,Jiafu Ji, Zheming Lu1, Yang Ke. Genome-wide analysis of Epstein-Barr virus (EBV) isolated from EBV-associated gastric carcinoma (EBVaGC). Oncotarget. 2016 Jan 26;7(4):4903-14. 3.Zheng Hu, Da Zhu, Wei Wang, Weiyang Li et al .Genome-wide profiling of HPV integration in cervical cancer identifies clustered genomic hot spots and a potential microhomologymediated integration mechanism. Nat Genet. 2015 Feb;47(2):158-63. 4.Ting Wang, Xi Zeng, Weiyang Li et al. Detection and Analysis of Human Papillomavirus (HPV) DNA in Breast Cancer Patients by an Effective Method of HPV Capture. PLoS One. 2014 Mar 10;9(3):e90343. 5.Li Wang, Shu-Zhen Dai, Hui-Jun Chu, Hong-Fei Cui, Xiao-Yan Xu. Integration sites and genotype distributions of human papillomavirus in cervical intraepithelial neoplasia. Asian Pac J Cancer Prev. 2013;14(6):3837-41.6.Zhao LH, Liu X, Yan HX et al. Genomic and oncogenic reference of HBV integration in hepatocellular carcinoma. Nat Commun. 2016 Oct 5;7:12992.7.Wang S, Xiong H et al. Identification and Characterization of Epstein-Barr Virus Genomes in Lung Carcinoma BiopsySamples by Next-Generation Sequencing Technology.